„Dr Jarosław Szarek, prezes Instytutu Pamięci Narodowej po zasięgnięciu jednoznacznej opinii Kolegium IPN nie przyjął dymisji prof. Krzysztofa Szwagrzyka, zastępcy prezesa Instytutu. Trwają rozmowy zmierzające do rozwiązania problemu. Sprawa poszukiwania i identyfikacji szczątków bohaterów narodowych pozostaje priorytetem działalności Instytutu Pamięci Narodowej” - poinformowano w komunikacie IPN zamieszczonym po zakończeniu posiedzenia Kolegium Instytutu Pamięci Narodowej.
Informację o złożeniu dymisji przez prof. Szwagrzyka jako pierwsze podało 13 lutego radio RMF FM. Jej powodem miały być kłopoty z identyfikacją genetyczną kolejnych ofiar komunistów, a także o prace badawcze i poszukiwawcze m.in. na Wołyniu. Sam zainteresowany nie chciał komentować sprawy.
Prof. Krzysztof Szwagrzyk od kilku lat kieruje w IPN zespołem poszukiwań tajnych miejsc pochówku ofiar reżimu komunistycznego. Kieruje pracami ekshumacyjnymi m.in. na „Łączce” na warszawskim Wojskowym Cmentarzu na Powązkach (rozpoczęte 23 lipca 2012). Dzięki pracy zespołu udało się odnaleźć i zidentyfikować szczątki legendarnych dowódców podziemia niepodległościowego, m.in. mjr. Zygmunta Szendzielarza „Łupaszkę” mjr. Hieronima Dekutowskiego „Zaporę”, a także ostatniego dowódcę NSZ ppłk. Stanisława Kasznicę. Prace pod jego kierunkiem odbywają się również na Służewcu oraz na Cmentarzu Bródnowskim w Warszawie, na Opolszczyźnie, gdzie prowadzi poszukiwania żołnierzy Henryka Flamego „Bartka”, w Białymstoku, w Rzeszowie, na Cmentarzu Garnizonowym w Gdańsku, gdzie we wrześniu 2014 roku zostały odnalezione m.in. szczątki Danuty Siedzikówny „Inki”.
Profesor Szwagrzyk w 2007 roku został odznaczony przez prezydenta RP Lecha Kaczyńskiego Złotym Krzyżem Zasługi. Za kierowany przez niego projekt poszukiwań i identyfikacji ofiar komunizmu pochowanych na „Łączce” IPN został jednym z laureatów nagrody „Strażnik Pamięci 2013”, przyznawanej przez tygodnik „Do Rzeczy”. W 2014 r. otrzymał nagrodę „Wacław Jędrzejewicz History Medal”, przyznaną przez Instytut Józefa Piłsudskiego w Ameryce. W 2015 r. został odznaczony przez Prezydenta RP Andrzeja Dudę Krzyżem Kawalerskim Orderu Odrodzenia Polski „za wybitne osiągnięcia w dokumentowaniu i upowszechnianiu prawdy o najnowszej historii Polski”. 4 sierpnia 2016 r. został powołany w skład Kapituły Orderu Odrodzenia Polski.