W myśl przyjętego statutu wszyscy pracownicy obu połączonych muzeów stali się pracownikami Muzeum II Wojny Światowej w Gdańsku. Prof. Piotr Gliński, wicepremier oraz minister kultury i dziedzictwa narodowego, stanowczo zaprzeczył, jakoby w związku z tą decyzją miało dojść do likwidacji Muzeum II Wojny Światowej.
Obowiązki dyrektora Muzeum II Wojny Światowej w Gdańsku z dniem 6 kwietnia 2017 r. powierzono dr Karolowi Nawrockiemu – historykowi, absolwentowi Instytutu Historii Uniwersytetu Gdańskiego. Dr Nawrocki od 2009 roku jest pracownikiem gdańskiego oddziału Instytutu Pamięci Narodowej, w którym od 2014 r. zajmuje stanowisko Naczelnika Oddziałowego Biura Edukacji Publicznej. Jest autorem i redaktorem książek oraz artykułów naukowych i publicystycznych z zakresu najnowszej historii Polski. Jest znanym na Pomorzu społecznikiem nagradzanym wieloma odznaczeniami środowisk kombatanckich i patriotycznych. Jest także Przewodniczącym Koalicji na Rzecz Pamięci Żołnierzy Wyklętych w Gdańsku. Za zaangażowanie społeczne, działalność edukacyjną i charytatywną został głosami czytelników „Dziennika Bałtyckiego” wybrany Osobowością Gdańska i Pomorza roku 2016.
5 kwietnia, dzień przed tym, jak decyzją ministra kultury dwa muzea zostały połączone, Naczelny Sąd Administracyjny wydał postanowienie w tej sprawie, które pozwoliło na takie rozwiązanie. Resort kultury wielokrotnie podkreślał, że „funkcjonowanie dwóch muzeów o podobnej tematyce i profilu na terenie jednego miasta nie było uzasadnione ze względów ekonomicznych ani organizacyjnych”, a „połączenie obydwu placówek nastąpi niezwłocznie i oznaczać będzie wydatne zwiększenie ich potencjału”.