Wnioski w tej sprawie złożył w czerwcu stołeczny ratusz. Prezydent Hanna Gronkiewicz-Waltz tłumaczyła, że prezydent i komisja weryfikacyjna są dwoma organami powołanymi do rozstrzygania spraw dotyczących reprywatyzacji, a więc prezydent nie może być stroną w komisji. Postanowieniami z dnia 5 października 2017 r. Naczelny Sąd Administracyjny oddalił wnioski prezydent stolicy o rozstrzygnięcie sporu kompetencyjnego pomiędzy władzami Warszawy a komisją weryfikacyjną. Wnioski dotyczyły nieruchomości położonych w Warszawie przy ulicach: Twardej 8, Twardej 10 i Chmielnej 70. Naczelny Sąd Administracyjny uznał, że kompetencje obu organów są w istocie zbliżone, chociaż nie tożsame.
NSA przypomniał, że warunkiem zaistnienia sporu kompetencyjnego jest „zarówno materialnoprawna, jak też procesowa tożsamość sprawy”. Po analizie złożonych wniosków NSA doszedł do konkluzji, że wskazywana w nich sytuacja dotyczy dwóch różnych postępowań prowadzonych w ramach odrębnych kompetencji przypisanych przez ustawodawcę dwóm różnym organom. Oznacza to, że nie odnosi się do tej samej sprawy w znaczeniu procesowym, a więc nie ma podstaw do kwalifikowania takiej sytuacji jako sporu kompetencyjnego.
Przewodniczący komisji weryfikacyjnej Patryk Jaki nie krył zadowolenia z decyzji NSA. Wiceminister sprawiedliwości udostępnił na swoim profilu na Twitterze zdjęcie, na którym cieszy się z decyzji NSA. Tuż po złożeniu wniosków, Jaki ocenił, że próba wstrzymania przez prezydent stolicy działań komisji to nic innego jak próba storpedowania jej prac. – Dzisiaj NSA przesądził jednoznacznie, że komisja może istnieć. Wszystkie instytucje, do których wysyłamy pisma od organów egzekucyjnych po urzędy skarbowe – wszystkie instytucje uznają działalność komisji. Dlatego ten pierwszy argument został całkowicie obalony. To jedno wielkie zwycięstwo - tłumaczył szef komisji weryfikacyjnej. – Mówiono że minie wiele lat zanim komisja wyda pierwsze decyzje, bo zakopie się w papierach. Co się okazuje – w ciągu dwóch miesięcy wydaliśmy kilka decyzji i zwróciliśmy majątek Skarbowi Państwa warty prawie 0,5 mld złotych – dodał.