W książce pt. "Księża wobec bezpieki" ks. Isakowicz-Zaleski napisał m.in., że ks. Paetz został w 1978 r. zarejestrowany jako kontakt informacyjny wywiadu PRL o kryptonimie "Fermo", wyrejestrowany został w 1983 r. po powrocie z Rzymu do kraju. Część akt zniszczono jako "nieprzydatne operacyjnie". Wywiad PRL podejrzewał, że ks. Paetz przekazuje informacje z inspiracji Watykanu.
"Kategorycznie oświadczam, iż nie podjąłem żadnej formy współpracy ze służbą bezpieczeństwa PRL. Nie przekazywałem służbie bezpieczeństwa żadnych relacji o osobach lub sprawach związanych z moją posługą w kościele, Stolicy Apostolskiej i służbie przy boku papieży: Pawła VI, Jana Pawła I i Jana Pawła II jak i w okresie mojej posługi w diecezji pasterskiej łomżyńskiej oraz jako członek Episkopatu Polski" - oświadczył w rozmowie z dziennikarzami w poznańskim ośrodku telewizyjnym abp Paetz. Jak dodał, 23 lutego zapoznał się z aktami na swój temat, które Instytut Pamięci Narodowej przekazał kościelnej komisji historycznej.
"Kościelna komisja historyczna stwierdza, że w aktach brak podpisanej deklaracji -zobowiązania księdza Paetza z wywiadem PRL. W raporcie z 21 marca 1978 roku zanotowano, że spotkania sondażowe z księdzem Paetzem wówczas pracownikiem Stolicy Apostolskiej przeprowadzone w roku 1967 i w latach następnych przy okazji jego starań o paszport konsularny zakończyły się fiaskiem" - powiedział abp Paetz.
Jak dowiedziała się PAP ze źródeł kościelnych Kościelna Komisja Historyczna nie znalazła dowodów współpracy abpa Paetza i bpa Kazimierza Górnego (wg książki ks. Tadeusza Isakowicza-Zaleskiego, SB pozyskała hierarchę do współpracy w 1979 r., gdy budował kościół w Oświęcimiu) z tajnymi służbami PRL. Według informatora PAP, komisja badała już teczki abpa Paetza i bpa Górnego i wydała im stosowne orzeczenia w tej sprawie.
Abp Paetz oświadczył, że nie wystąpi na drogę sadową przeciwko autorowi książki "Księża wobec bezpieki".
"Sprawa jest rozwiązana przez kościelną komisję historyczną, a z księdzem Isakowiczem-Zaleskim nie miałem kontaktu i nie zamierzam go mieć. (...) Człowiek raduje się z prawdy, to wszystko czego jesteśmy świadkami nie tylko dzisiaj, ale od jakiegoś czasu, to jest mijanie się z prawdą" - powiedział poznański duchowny w programie informacyjnym TVP3.ab, pap