Materiały z archiwów IPN na temat abp. Kowalczyka zbadała - na jego własną prośbę - Komisja Historyczna Metropolii Warszawskiej. Jej oświadczenie przekazał PAP ks. Kloch. Zarówno przewodniczący Komisji, ks. dr Andrzej Gałka, jak i zaproszeni specjaliści stwierdzili, że istniejące materiały nie zawierają żadnych przesłanek wskazujących na współpracę ówczesnego ks. prał. Józefa Kowalczyka z organami bezpieczeństwa PRL.
Z materiałów, analizowanych przez Komisję wynika, że ks. Józef Kowalczyk od 1963 r. był inwigilowany przez Służę Bezpieczeństwa PRL. Po wyjeździe do Rzymu i podjęciu pracy w urzędach Stolicy Apostolskiej, znalazł się w 1971 r. w kręgu zainteresowania Departamentu I Ministerstwa Spraw Wewnętrznych (wywiad). W dniu 15 grudnia 1982 r. został zarejestrowany przez Wydział III Departamentu I MSW jako kontakt informacyjny o kryptonimie "Cappino". Pod datą 3 stycznia 1990 r. widnieje informacja o zniszczeniu całości materiałów "z powodu ich nieprzydatności operacyjnej."
Rzecznik Episkopatu podkreśla, że rejestracja jako kontakt informacyjny abp. Kowalczyka nastąpiła w czasie, gdy pracował on w Watykanie i prowadził oficjalne rozmowy z przedstawicielami władz PRL, które należały do jego obowiązków. Tego rodzaju kontaktów żadną miarą nie można traktować jako działalności agenturalnej - stwierdza oświadczenie ekspertów, pracujących dla Komisji Historycznej.
W swoim oświadczeniu podkreśla ona, że "służby wywiadu PRL interesowały się wszystkimi polskimi pracownikami Stolicy Apostolskiej, a zainteresowanie to nasiliło się po wprowadzeniu w Polsce stanu wojennego 13 grudnia 1981 r., zwłaszcza w czasie przygotowań do pielgrzymki Ojca Świętego Jana Pawła II do Ojczyzny, która odbyła się w czerwcu 1983 r".
Komisja i jej eksperci przypominają też, że "Ks. prał. Józef Kowalczyk jako pracownik Kurii Rzymskiej został włączony, po uzgodnieniu z Konferencją Episkopatu Polski, do Zespołu Stolicy Apostolskiej do Stałych Kontaktów Roboczych z Władzami PRL. Od 1978 r. był kierownikiem Sekcji Polskiej Sekretariatu Stanu (co odpowiada stanowisku dyrektora departamentu w ministerstwach). Do jego obowiązków należały także rozmowy z przedstawicielami władz PRL, w tym z ich urzędowymi reprezentantami w Rzymie".
Rzecznik Episkopatu podkreślił, że prosząc o zbadanie dokumentów służb PRL na swój temat, abp Kowalczyk życzył sobie, by wyniki tych badań zostały upublicznione.
Z kolei ks. Isakowicz-Zaleski opublikował we wtorek wieczorem na swojej stronie internetowej "dwa pierwsze dokumenty" dot. abp. Kowalczyka. Powołuje się przy tym na słownik pojęć z katalogów IPN, według którego kontakt informacyjny (KIN) to "jedna z kategorii współpracy z wywiadem cywilnym PRL; w przypadku obywatela polskiego - zawsze świadoma, w przypadku cudzoziemca - mogła być nieświadoma".
"Komisja Historyczna nie zdecydowała się na opublikowanie tych akt. Dopiero nagle, niespodziewanie, dzisiaj w Święto Trzech Króli, co jest raczej rzadką praktyką, jeśli chodzi o władze kościelne opisano te dokumenty, nie podając ich treści. Dlatego ja zdecydowałem się dać na stronę internetową dwa pierwsze dokumenty" - powiedział Isakowicz-Zaleski w TVP Info.
Zdaniem księdza "trudno uwierzyć, że przez tyle lat trzech oficerów SB zmówiło się i okłamywało swoich przełożonych, czyli wywiad, więc bardzo ważną instytucję, i w sposób nieświadomy rejestrowało daną osobę".
Isakowicz-Zaleski na swojej stronie internetowej informuje również, że dokumenty dot. abp. Kowalczyka ujawniono "wtedy, gdy jedna z gazet miała je opublikować"; nie podaje jednak tytułu tego pisma. Duchowny zwraca też uwagę, że sprawę ujawniono w drugą rocznicę niedoszłego ingresu abp. Stanisława Wielgusa.pap, keb