Również władze kościoła zaznaczyły swój udział w konferencji. "Dzięki pierwszej pielgrzymce zaczęliśmy wierzyć lepiej. Stało się tak dlatego, że zaczęliśmy wierzyć także sobie" - napisał w liście do uczestników konferencji prymas Polski kardynał Józef Glemp. Z kolei, obecny w pałacu prezydenckim, metropolita warszawski abp. Kazimierz Nycz ponownie wystąpił przeciw dwóm redukcjonizmom historycznym - tj. próbie pisania historii od muru berlińskiego z pominięciem kilkunastu poprzednich lat oraz "dyskusji, która kończy się na roku 1980, nie idzie wstecz, gdzie zaczyna się wkład papieża w to, co się zdarzyło". Nycz, analizując papieskie rozumienie solidarności, podkreślał, że Jan Paweł II wiązał ją z zasadą pomocniczości i przeżyciem autentycznego zaangażowania. Metropolita przypomniał papieską przestrogę przed politycznym zaangażowaniem związku, niosącym groźbę instrumentalnego wykorzystania go przez polityków. Następnie wyraził przekonanie, że solidarność jest zaprzeczeniem walki klas i wezwał do pielęgnowania tej cnoty. "Bez solidarności życie zostanie sprowadzone do tyranii małych codziennych przyjemności" - przestrzegł.
Wskazano również na zasługi kardynała Stefana Wyszyńskiego i Jana Pawła II dla wyboru przez Polaków "innej drogi niż desperackie powstanie", jak podkreślił wykładowca akademicki Rocco Buttiglione.
Na konferencji obecny był również prezes IPN Janusz Kurtyka, który zwrócił uwagę, że aby Jan Paweł II mógł sformułować nowe zasady przeciwstawiania się opresji, "nowego kształtu kulturowego oporu", konieczna stała się "zmiana watykańskiej Ostpolitik". Kurtyka podkreślił znaczenie papieskiej wizyty z 1983 roku, którą nazwał "pielgrzymką podtrzymania upadającej nadziei". Kurtyka przypomniał ówczesne przesłanie, że "Kościół nie powinien wchodzić w żadne układy z władzą za plecami "Solidarności". Zwrócił też uwagę na znaczenie spotkania z "prywatną osobą Lechem Wałęsą". Trzecią pielgrzymkę z 1987 roku prezes IPN uznał za zapowiedź upadku PRL.
Kurtyka powiedział, że dzięki nowoczesnym środkom technicznym Jan Paweł II "nauczał o wolności na wcześniej niespotykaną skalę". "Przed nami bardzo wiele wysiłku, by zrozumieć mechanizmy recepcji papieskiego nauczania" - podsumował prezes i wyraził przekonanie o konieczności starań, "by Solidarność zajęła w świadomości takie miejsce jak Armia Krajowa".
Konferencję "Rola Kościoła w odzyskaniu niepodległości" zorganizowały Kancelaria Prezydenta i Komisja Krajowa NSZZ "S". Wzięli w niej m.in. udział hierarchowie, prawosławny abp Jeremiasz, przewodniczący Polskiej Rady Ekumenicznej, przewodniczący "S" Janusz Śniadek, parlamentarzyści, przedstawiciele administracji rządowej.
Po południu, podczas mszy w Belwederze, poświęcono rzeźbę Jana Pawła II - dar Lecha Kaczyńskiego dla belwederskiej kaplicydk/pap