Za odrzuceniem projektu Ruchu Palikota głosowało 368 posłów, przeciw było 61, nikt nie wstrzymał się od głosu. W odniesieniu do projektu SLD za odrzuceniem głosowało 357 posłów, przeciw było 56, jedna osoba wstrzymała się od głosu.
Przed głosowaniem głos zabrał m.in. premier Donald Tusk. - Będziemy spokojnie kontynuowali tę reformatorską metodę wyprowadzenia finansowych relacji państwo-Kościół na prostą - zapowiedział szef rządu.
Wcześniej o poparcie obu projektów w burzliwej dyskusji apelowali posłowie RP i SLD. Marszałek Sejmu musiała ogłosić krótką przerwę w obradach, podczas której zebrał się Konwent Seniorów.Projekty SLD i Ruchu Palikota zakładały likwidację Funduszu Kościelnego bez wprowadzania odpisu podatkowego. Ich autorzy uważają, że Fundusz nie ma podstaw do dalszego funkcjonowania, gdyż Kościół otrzymał już rekompensatę za utracone dobra. Sejmowa komisja administracji i spraw wewnętrznych negatywnie zaopiniowała te projekty.
Propozycja likwidacji Funduszu Kościelnego, nad którą pracuje rząd miałaby wejść w życie 1 stycznia 2013 r. Projekt ma stwarzać możliwość przekazania na rzecz wybranego Kościoła lub innego związku wyznaniowego kwoty w wysokości 0,3 proc. podatku. Możliwość skorzystania z odpisu ma dotyczyć zeznania podatkowego albo korekty zeznania składanego za rok 2012. Po spotkaniach, które odbyły się w połowie czerwca, strona rządowa zaproponowała przedstawicielom Episkopatu oraz Kościołom i związkom wyznaniowym harmonogram okresu przejściowego po likwidacji Funduszu Kościelnego. Zakłada on, że państwo przez cztery lata będzie wyrównywało różnicę pomiędzy kwotą z odpisu podatkowego a wysokością obecnej dotacji.
Państwo ma wyrównać Kościołowi katolickiemu oraz innym kościołom i związkom wyznaniowym różnicę pomiędzy kwotą uzyskaną z odpisu a wysokością dotychczasowej dotacji z budżetu przewidzianą na Fundusz Kościelny w roku 2012, waloryzowaną o wskaźnik inflacji. Podobnie ma być w latach 2014-2016. W III kwartale 2015 r. ma być dokonana ocena funkcjonowania odpisu. Od 2017 r. wyrównanie z budżetu państwa nie jest już przewidziane.
Zmianę modelu finansowania Kościoła zapowiedział w expose premier Donald Tusk. Obecnie z Funduszu Kościelnego pokrywane są ubezpieczenia duchownych, którzy nie mają umów o pracę, m.in. misjonarzy i zakonników zakonów kontemplacyjnych. Fundusz finansuje też działalność charytatywną, oświatowo-wychowawczą, remonty i konserwacje zabytków sakralnych oraz utrzymanie wydziałów teologicznych na wyższych uczelniach. Działa na rzecz wszystkich kościołów i związków wyznaniowych. W 2011 r. na Fundusz Kościelny rząd przekazał 89 mln zł.mp, pap