Kowalczyk po przesłuchaniu w maju w rzeszowskiej prokuraturze powiedział dziennikarzom, że nie czuje się winny. Jego zdaniem, postawione mu zarzuty wynikają z błędnej interpretacji.
"W moim przekonaniu jest to błędna interpretacja. Myślę, że te zarzuty wynikają z pewnego rodzaju nieporozumień. Byłem przesłuchiwany w Kielcach przez kilku prokuratorów na te same tematy, w związku z tym jestem przekonany, że te elementy będą wyjaśnione" - powiedział dziennikarzom po postawieniu mu zarzutów i dodał, że "Na pewno nie czuję się - broń Boże - winny, któremukolwiek zarzutowi. Na pewno nie naruszyłem żadnego przepisu prawnego. Jestem przekonany, że jesteśmy w stanie to wyjaśnić".
Pełnomocnik podejrzanego, mec. Jerzy Jamka powiedział wówczas dziennikarzom, że generał w oświadczeniu złożonym w prokuraturze stwierdził, że jako komendant policji nie naruszył prawa.
W sprawie generała rzeszowska prokuratura przesłuchała łącznie kilkunastu świadków. Był wśród niech m.in. były wiceminister spraw wewnętrznych i administracji Zbigniew Sobotka (SLD), prokuratorzy z Kielc, były zastępca Kowalczyka generał Adam Rapacki oraz były szef Centralnego Biura Śledczego Kazimierz Szwajcowski. Ich przesłuchania odbyły się na wniosek obrońców generała. Prokuratura nie ujawnia treści zeznań świadków, zasłaniając się tajemnicą sprawy.
Liczący ponad 80 stron akt oskarżenia składa się z dwóch części - jawnej i niejawnej. Jawne akta sprawy zawarte są w czterech tomach, natomiast liczba tomów akt niejawnych objęta jest także tajemnicą.
Sprawę gen. Kowalczyka do Rzeszowa przekazała w lutym br. Prokuratura Krajowa. O wyznaczenie innej prokuratury spoza okręgu Apelacji Krakowskiej zwróciła się Prokuratura Apelacyjna w Krakowie.
Wątek został wyłączony z głównego nurtu śledztwa tzw. przecieku starachowickiego i przekazany przez Prokuraturę Okręgową w Kielcach do nadzorującej to postępowanie Prokuratury Apelacyjnej w Krakowie - z wnioskiem o wyznaczenie innej prokuratury do badania tej sprawy. Argumentem był fakt, że gdyby postępowanie nadal toczyło się w Kielcach, mogła zajść konieczność przesłuchania prokuratorów, przed którymi zeznawał Kowalczyk w toku śledztwa dotyczącego przecieku. Mogłoby dojść do sytuacji, w której prokuratorzy przesłuchiwaliby swoich kolegów, a teoretycznie nawet przełożonych.
W październiku ub.r. media informowały, że Kowalczyk zmienił zeznania złożone w śledztwie w sprawie przecieku. W czasie pierwszych zeznań twierdził, że nie przekazywał ówczesnemu wiceministrowi SWiA Zbigniewowi Sobotce informacji o akcji Centralnego Biura Śledczego w Starachowicach, a potem zeznał, że informował go o działaniach policji.
Minister sprawiedliwości Grzegorz Kurczuk potwierdził, że Kowalczyk zeznał, iż przekazał Sobotce "pewne informacje" dotyczące tzw. sprawy starachowickiej. Ujawnił też, że początkowo Kowalczyk zaprzeczał, by przekazywał Sobotce informację o planowanej akcji. 29 października 2003 roku Kowalczyk zrezygnował z funkcji komendanta głównego policji. 15 lutego 2004 przeszedł na emeryturę.
Tzw. afera starachowicka dotyczy przecieku tajnych informacji o akcji Centralnego Biura Śledczego w marcu 2003 roku w Starachowicach, skierowanej przeciw tamtejszym przestępcom.
W sprawie przecieku starachowickiego oskarżono trzech posłów: Andrzeja Jagiełłę (dawniej SLD, obecnie PLD), Henryka Długosza (dawniej SLD) i byłego wiceministra spraw wewnętrznych i administracji Zbigniewa Sobotkę (SLD). Ich proces trwa od 25 maja w kieleckim Sądzie Okręgowym.
ss, pap