W maju 2004 r. Wojskowa Prokuratura Okręgowa w Warszawie (WPO) wszczęła śledztwo wobec T. z doniesienia szefa WSI gen. Marka Dukaczewskiego. Media ujawniły wtedy, że T. chciał wynieść z WSI tajne akta m.in. na temat sprawy Tarnowskiego.
W marcu 2004 r. Tarnowskiego przedstawiono do nominacji generalskiej, ale awans zablokowały WSI, bo uznały, iż Tarnowski miał zataić, że od 1978 do 1990 r., jako zawodowy żołnierz, był tajnym współpracownikiem wojskowych służb specjalnych PRL. Według prasy, WSI nie przesłały materiałów mających o tym świadczyć rzecznikowi interesu publicznego, wykorzystały je zaś do zablokowania awansu.
"Gazeta Wyborcza" donosiła, że T. dostał rozkaz napisania raportu o rzekomym znalezieniu w WSI nieznanych materiałów sprzed 1989 r., w tym odpisów rejestrów, w których jako agent miał występować Tarnowski. Akta, jako "odnalezione w ostatnim czasie", T. miał przekazać do IPN. To właśnie do IPN powinny już w 2001 r. trafić wszystkie materiały wojskowych służb PRL nt. Tarnowskiego.
T. odmówił podpisania niezgodnego z prawdą raportu i zdecydował się skopiować część materiałów WSI, bo nie chciał uczestniczyć w nielegalnych działaniach. Chciał wynieść je z WSI; jednak przed wyjściem zrewidowano go i odebrano materiały.
Sprawę T. - zwolnionego już z WSI - badała sejmowa Komisja ds. Służb Specjalnych, której T. mówił, że wśród akt, które chciał wynieść z WSI, miały być m.in. pokwitowania wpłat i wypłat dużych kwot w walutach obcych, podpisane m.in. przez Dukaczewskiego. Według mediów, T. powiedział posłom, że pokwitowania te mają związek z nielegalnym handlem bronią, w który WSI były zamieszane w pierwszej połowie lat 90. "Działałem w interesie państwa polskiego" - mówił wtedy T. dziennikarzom.
Wiceszef WPO ppłk Dariusz Knapczyński powiedział PAP, że śledztwo wobec T. było tajne. Wiadomo tylko, że akt oskarżenia wysłany do WSO w sierpniu tego roku zarzuca T. ujawnienie tajemnicy państwowej (grozi za to kara do 5 lat więzienia) oraz przekroczenie uprawnień funkcjonariusza publicznego (kara do 3 lat). Wraz z nim prokuratura oskarżyła o to samo innego oficera.
We wrześniu tego roku WPO uznała, że ani szef MON Jerzy Szmajdziński, ani Dukaczewski nie popełnili przestępstwa przekroczenia uprawnień w sprawie "dzikiej lustracji" Tarnowskiego. Prokuratura umorzyła z "braku cech przestępstwa" śledztwo w tej sprawie, wszczęte z zawiadomienia sejmowej Komisji ds. Służb Specjalnych.
W 2004 r. komisja ta uznała, że Dukaczewski i jego poprzednik gen. Tadeusz Rusak złamali ustawę lustracyjną, nie przekazując materiałów lustracyjnych Tarnowskiego. Dukaczewski wiele razy powtarzał, że w sprawie Tarnowskiego nie ma sobie nic do zarzucenia i że nie złamał prawa.
Sprawa "dzikiej lustracji" Tarnowskiego to jeden z zarzutów, jaki stawiano WSI, które rząd Kazimierza Marcinkiewicza zamierza zlikwidować.
ks, pap