Sprawa rzekomej współpracy abp. Kowalczyka z wywiadem PRL wypłynęła prawie 10 lat temu. Pod koniec 2008 roku abp. Kowalczyk poprosił Komisję Historyczną Metropolii Warszawskiej o zbadanie ewentualnych materiałów w IPN dotyczących jego osoby. Komisja ogłosiła na początku 2009 roku, że ks. Józef Kowalczyk był inwigilowany przez SB co najmniej od 1963 roku. W grudniu 1982 roku został z kolei zarejestrowany jako KI (ps. Cappino).
Dziennikarze "Rzeczpospolitej" dotarli do nieznanych wcześniej dokumentów IPN - dwóch raportów, które do niedawna przechowywane były w tzw. zbiorze zastrzeżonym. Wyszły one spod ręki Janusza Czekaja, który w latach 1983-1988 przebywał w Rzymie, oficjalnie jako dyplomata, w rzeczywistości jako oficer wywiadu.
„Niechętny do współpracy”
W 1985 roku pisał o abp Kowalczyku: "Współpraca niesystematyczna. Zgodnie z instrukcją wyjazdową próba udyspozycyjnienia źródła spowodowała praktyczną odmowę współpracy. Teoretycznie o dużych możliwościach informacyjnych" (IPN BU 3246/164, t. 1, k. 56).
W dokumencie z maja 1988 roku pisał z kolei: "Duchowny polski, bezpośrednie dotarcie do obiektu (Sekretariat Stanu). Praktycznie nie został pozyskany. Niechętny do współpracy. Towarzysko przyjemny i sympatyczny" (IPN BU 3246/164, t.2, k. 52).
Komentując sprawę w liście do dziennika abp Józef Kowalczyk napisał, że wiedział, iż jest w centrum zainteresowania służb wywiadowczych. "Ojciec Święty Jan Paweł II doskonale o tym wiedział i darzył mnie pełnym zaufaniem, którego ja nie nadużyłem ani Go nie zdradziłem" - podkreślił.