Michnik orzekał m.in. w sfabrykowanych przez władze sprawach przedwojennych oficerów WP, za co IPN chciał go pociągnąć do odpowiedzialności. Sprawy te były odpryskami wielkiego procesu o rzekomy spisek w wojsku, tzw. sprawy Tatara z początku lat 50. Skład sędziowski z udziałem M. skazał na karę śmierci (którą wykonano) mjr. Zefiryna Machallę oraz mjr. NSZ Karola Sęka. Zasiadał też w składach sądów, które skazały na śmierć (kary nie wykonano) m.in. płk. Maksymiliana Chojeckiego i płk. Bronisława Maszlankę. Po 1956 r. wszystkich zrehabilitowano.
Czytaj też:
Agent Michnik
Jak informuje wp.pl, pion śledczy chciał postawić Michnikowi zarzuty dotyczące tego, że w latach 1951-53, będąc asesorem w Wojskowym Sądzie Rejonowym w Warszawie, był uczestnikiem mordów sądowych m.in. na oficerach Wojska Polskiego. W 2010 roku sąd orzekł tymczasowy areszt wobec Stefana Michnika, jednak nie został on zrealizowany, ponieważ były sędzia mieszkał w Szwecji. Kolejnym działaniem prokuratury było uzyskanie Europejskiego Nakazu Aresztowania, który zaczął obowiązywać od sierpnia 2010 roku. Szwedzki sąd odmówił jednak wydania Michnika polskiemu wymiarowi sprawiedliwości, ponieważ w świetle tamtejszego prawa stawiane mu zarzuty przedawniły się, a dodatkowo były sędzia jest obywatelem Szwecji.
Jak pisze Wirtualna Polska, śledczy z IPN nie składają jednak broni i wciąż gromadzą dokumenty, które miałyby im pomóc w doprowadzeniu Stefana Michnika przed sąd. Z uzyskanych przez dziennikarza wp.pl informacji wynika, że IPN analizując archiwalne postępowania karne natrafia na ślady zachowań kpt. w st. spocz. Stefana Michnika, które mogą wskazywać na popełnianie przez niego przestępstw. – Sprawy te są systematycznie analizowane i procesowo opracowywane – poinformowano Wirtualną Polskę.