Kolegium Historyczno-Programowe jest jednym z ważniejszych organów Europejskiego Centrum Solidarności. Ze statutu instytucji wynika, że jego członkowie pełnią swoją funkcję społecznie i nie pobierają wynagrodzenia. W jego skład wchodzą „osoby, cieszące się powszechnym uznaniem:historycy, intelektualiści i przedstawiciele życia publicznego”. Do ich obowiązków należy wyznaczanie strategii działania Europejskiego Centrum Solidarności, a także opiniowanie bieżącej działalności instytucji. Organ ten ma prawo składać propozycje zmian w statucie Centrum. Członkowie Kolegium współpracują z Radą Centrum w której zasiada m.in. prezydent Gdańska Paweł Adamowicz czy były prezydent Lech Wałęsa.
Jak podaje dziennikarz Wirtualnej Polski Jacek Gądek, na mocy decyzji Ministerstwa Kultury oraz prezydenta Gdańska Pawła Adamowicza (Członków Kolegium powołuje prezydent Gdańska, ale są oni wskazywani przez współzałożycieli ECS, a więc także Ministerstwo Kultury) w skład Kolegium będą wchodzić obecnie 22 osoby. Wśród członków organu Centrum znaleźli się m.in. wicemarszałek Senatu Bogdan Borusewicz, historyk Paweł Kowal, była minister kultury Małgorzata Omilanowska, prod. Antoni Dudek. prof. Andrzej Friszke, a także Marta Kaczyńska. Wykonanie zarządzenia prezydenta Gdańska pozostaje w gestii dyrektora Centrum Basila Kerskiego.