W 2016 roku „Gazeta Wyborcza” ujawniła, że Instytut Pamięci Narodowej znalazł teczkę tajnego współpracownika Służby Bezpieczeństwa, którym miał być Jerzy Zelnik. Po tej informacji Zelnik przyznał, że w IPN znajdują się dokumenty dotyczące jego osoby, a analizą akt zajął się dziennikarz „Do Rzeczy” Cezary Gmyz. „Ze swej strony zapewniam, że stanę w tej sprawie prawdzie. Już teraz proszę o wybaczenie osoby, które mogłem skrzywdzić” – napisał Zelnik w oświadczeniu wydanym po publikacjach medialnych.
Aktora o tę sprawę pytała prowadząca program „Skandaliści” w Polsat News Agnieszka Gozdyra. Zelnik przyznał, że w momencie podpisania zobowiązania miał 18 lat i nie miał świadomości, do czego się zobowiązał. – Oczywiście się tego wstydzę dziś, ale kompletnie nie miałem pojęcia – powiedział. Prowadząca poprosiła też o to, by Zelnik ocenił w takim razie postawę Lecha Wałęsy, który cały czas zaprzecza współpracy ze Służbą Bezpieczeństwa. – Niech pani mnie nie porównuje z Lechem Wałęsą – odparł Zelnik. Po chwili padło kolejne pytanie, czy w takim razie każdy może powiedzieć, że w przeszłości był kimś innym i powoływać się na okoliczności. – A czy on tak mówi? Skruchy trochę, uderzenia się w piersi. Zapłacz nad sobą. Po co brałeś pieniążki? – odpowiedział aktor.
– Przestańcie mnie porównywać do Wałęsy. Ja byłem głupim knyplem 18-letnim, a on miał prawie 30 lat, kiedy zaczął współpracę, jeśli zaczął. Porównajcie sobie jak człowiek dojrzewa przez pierwsze lata dorosłości, kiedy wchodzi i normalnie pracuje z dorosłymi ludźmi, kiedy oczy otwierają mu się na cały świat – skończył swój wywód Zelnik.