Pierwszy sarkofag pary prezydenckiej został zniszczony podczas ekshumacji w listopadze 2016 roku. Ksiądz prałat Zdzisław Sochacki przyznał, że „proces otwierania odbył się zgodnie z przewidywaniami, ale sarkofag nie był przygotowany do tego, żeby go otwierać, dlatego doszło do jego uszkodzenia”. Ekipa techniczna wycięła jedną z bocznych ścian sarkofagu, a po wyjęciu trumien sarkofag został ponownie zamknięty, jego ścianę przytwierdzono przy użyciu masy plastycznej. Kamienna płyta została jednak uszkodzona.
Dla Lecha i Marii Kaczyńskich przygotowano nowy sarkofag, a stary miał według ks. Sochaskiego trafić do strony rządowej. Z relacji duchownego wynika, że za transport miała odpowiadać Prokuratura Krajowa, która nadzorowała przebieg ekshumacji. Formalnie sarkofag jest własnością Małopolskiego Urzędu Wojewódzkiego, ponieważ to właśnie wojewoda małopolski na polecenie rządu zapłacił za niego 169 tysięcy złotych.
Poprzedni wojewoda, Józef Pilch, który w piątek 2 czerwca podał się do dymisji, twierdził, że nie ma pojęcia, gdzie obecnie znajduje się sarkofag. Dziennikarze Gazety Wyborczej pytali o to, gdzie znajduje się sarkofag przedstawiciele Kancelarii Premiera oraz MinsterstwaKultury, jednak nikt nie potrafił odpowiedzieć na pytanie, gdzie dokładnie się on znajduje. Podczas konferencji prasowej nowego wojewody małopolskiego Piotra Ćwika została ujawniona informacja, że sarkofag po powtórnym pochówku pary prezydenckiej został przekazany Instytutowi im. Lecha Kaczyńskiego, którego siedziba znajduje się na warszawskim Żoliborzu, tuż obok domu, w którym mieszka prezes PiS Jarosław Kaczyński.