Naukowcy biją na alarm, że rozporządzenia wpłyną na rozmontowanie sieci najcenniejszych obszarów przyrodniczych, które zajmują obecnie 20 procent terytorium Polski. Są wśród nich m.in. Puszcza Białowieska, Tatry, nadmorskie wydmy i wrzosowiska a także, jako tzw. gatunki priorytetowe np. żubr, kozica czy wilk.
Jak tłumaczy dr hab. Przemysław Chylarecki, jeden z autorów listu, jaki Komitet Biologii Środowiskowej i Ewolucyjnej PAN wysłał do ministra Szyszki, propozycje są sprzeczne z obowiązującą ustawą, która mówi, że celem ochrony Natury 2000 jest dążenie do „odtworzenia właściwego stanu ochrony siedlisk przyrodniczych lub właściwego stanu ochrony tych gatunków”. Zwraca też uwagę, że nie wiadomo jakie są „szczególne przypadki”, które zakłada ministerstwo. – Ustawa mówi: „Halo! Róbcie wszystko, by ratować te gatunki, jeśli ich stan się pogarsza”. A nowe rozporządzenie mówi odwrotnie: jeśli stan jest bardzo zły, to można przestać działać – tłumaczy naukowiec PAN.
Rozporządzenia zakładają ponadto możliwość niestosowania niektórych kryteriów do oceny, jak zachowuje się dany gatunek. Ministerstwo w odpowiedzi na zapytanie „Wyborczej” poinformowało, że „trwa analiza uwag i opinii zgłoszonych w trakcie konsultacji publicznych i uzgodnień międzyresortowych”.