Prace poszukiwawcze przy ulicy Rakowieckiej w Warszawie rozpoczęto już w lipcu 2016 roku. Jak informuje Instytut Pamięci Narodowej, poza ofiarami zbrodni okupantów niemieckich (w pierwszych dniach Powstania Warszawskiego poza więźniami Niemcy zamordowali polskich strażników) na terenie więzienia mogły być grzebane ofiary zbrodni komunistycznych.
Więzienie karne przy ulicy Rakowieckiej wybudowały władze rosyjskie w latach 1902-1904 z przeznaczeniem dla 800 więźniów. Oprócz pawilonów z celami i karceru na terenie około 6 ha pomieszczono kilka kaplic (katolicką, prawosławną i dla wyznawców judaizmu), szpital, budynek mieszkalny dla personelu, zaplecze kuchenne i szereg warsztatów. Obiekt rozbudowano w 1918 roku. Pierwszym naczelnikiem więzienia w II Rzeczypospolitej był Zygmunt Bugajski. W 1928 roku na terenie tym była szkoła, biblioteka, sala gimnastyczna i ogrody. Służył jako areszt śledczy oraz miejsce egzekucji.
W czasie II wojny światowej kompleks służył niemieckim okupantom. Pierwszego dnia powstania warszawskiego bojownicy AK podjęli nieudaną próbę zdobycia więzienia. W odwecie, następnego dnia SS rozstrzelało na dziedzińcu więziennym około 600 więźniów. Część osadzonych podniosła wówczas bunt i z pomocą mieszkańców Mokotowa, kilkuset więźniów zbiegło z aresztu.
W okresie terroru stalinowskiego na terenie więzienia zamordowano wielu więźniów politycznych, których ciała później potajemnie chowano na Służewie i w tzw. kwaterze „na Łączce”. Szacuje się, że w okresie stalinowskim wykonano ponad 2800 takich wyroków.
W 2016 Ministerstwo Sprawiedliwości podjęło decyzję, że areszt zostanie zamknięty, a w kompleksie budynków powstanie Muzeum Wyklętych i Więźniów Politycznych PRL. Muzeum otwarte ma zostać 1 marca 2019 roku.