Pełniła swoje obowiązki krótko; została powołana na podsekretarza stanu 27 listopada. Odpowiadała w resorcie za zagadnienia związane z procesem profesjonalizacji Sił Zbrojnych RP oraz sprawy społeczne.
W środowisku wojskowym spekuluje się, że jedną z przyczyn jej odejścia były obawy o dotrzymanie zapowiedzianych przez rząd terminów profesjonalizacji armii. Minister obrony Bogdan Klich zapowiedział m.in. ograniczenie poboru w 2008 r., zawieszenie go w roku 2009 i wejście w rok 2010 z w pełni uzawodowionymi Siłami Zbrojnymi.
Wśród wojskowych spekuluje się także, że powodem odejścia Wągrowskiej miałoby być rzekome odmówienie jej przez Służbę Kontrwywiadu Wojskowego wydania dopuszczenia do tajemnicy państwowej.
Jeszcze inną wersję jej pożegnania się z MON-em przedstawia czwartkowa "Trybuna". Gazeta napisała, że Wągrowska "do odejścia została zmuszona przez samego Donalda Tuska, do którego dotarło, że +coś na Wągrowską+ znalazł IPN". Gazeta wskazuje, że nazwisko Wągrowskiej nie figuruje w opublikowanym ostatnio przez IPN katalogu.
Jak przypomniał rzecznik IPN Andrzej Arseniuk, nazwiska osób z danej grupy podlegającej lustracji, np. wiceministrowie, są publikowane w katalogach po skompletowaniu danych dotyczących całej grupy. IPN nie może w tym wykazie opublikować danych o osobach, które już nie pełnią funkcji publicznych - jak np. członków rządu Jarosława Kaczyńskiego.
Minister obrony Bogdan Klich, odnosząc się do publikacji "Trybuny" powiedział, że nie zna żadnych faktów, które by potwierdzały jakąkolwiek ingerencję premiera Tuska w tę sprawę. "Wszystko odbywało się na drodze służbowej, tzn. pani minister złożyła na moje ręce rezygnację, ja wystąpiłem do pana premiera o przyjęcie tej rezygnacji i pan premier odwołał panią Wągrowską z funkcji" - powiedział Klich.
Minister dodał, że nie sądzi, aby była jakakolwiek rozmowa między panem premierem a panią Marią Wągrowską. "Ja nic o tym nie wiem" - zapewnił. Przypomniał, że minister Wągrowska złożyła rezygnację z powodów rodzinnych.
Do czasu nadania depeszy PAP nie udało się skontaktować z Wągrowską.
Przed objęciem stanowiska wiceszefowej MON Wągrowska, absolwentka Uniwersytetu Warszawskiego, jako szefowa Programu Bezpieczeństwo Międzynarodowe w Centrum Stosunków Międzynarodowych, sprawowała merytoryczny nadzór nad kilkoma projektami z tej dziedziny. Jest wiceprezesem Stowarzyszenia Euroatlantyckiego.
W przeszłości była m.in. redaktorem naczelnym tygodnika "Polska Zbrojna" i wicedyrektorem Domu Wydawniczego "Bellona". Pracowała także jako komentator problematyki bezpieczeństwa "Rzeczpospolitej", korespondent tego dziennika oraz telewizji i radia w Brukseli.pap, ss, ab