Polskie rządy od 2005 roku odmawiają podpisania tzw. porozumienia w sprawie siedziby Fronteksu z Brukselą. W 2006 roku podpisano memorandum, które wygasło w 2007 roku i od tamtej pory Frontex ma swoją siedzibę w Warszawie bez istniejącej podstawy prawnej. - Jeśli jutro polski rząd chciałby zamknąć agencję, mógłby to zrobić i to jest nie do przyjęcia. Agencja musi być niezależna i nie polegać na dobrej woli Polski - powiedział Fabrice Leggeri - dyrektor Fronteksu.
Porozumienie, które nie zostało podpisane powinno regulować zasady podziału kosztów funkcjonowania agencji, odpowiedzialności prawnej funkcjonariuszy, a także m.in. dostępu do międzynarodowych szkół dla dzieci pracowników, co jest jedną z głównych kości niezgody między Warszawą a Brukselą. Strona polska chciałaby także, aby pracownicy Fronteksu podlegali polskiemu prawu, podczas gdy UE naciska na przyznanie statusu dyplomatów.
Problem pojawił się po raz kolejny, gdy doszło do dyskusji nad stworzeniem tzw. europejskiej straży granicznej, która bez zgody państwa mogłaby przejmować kontrolę nad zewnętrzną granicą Unii Europejskiej, a zarazem granicy danego państwa, czemu mocno sprzeciwia się polski rząd. Mimo sporu przedstawiciele Unii Europejskiej podkreślają, że siedziba nowej formacji, która być może zastąpi Frontex powinna pozostać w Warszawie, jednak naciskają na podpisanie porozumienia.
Financial Times