Hubert Rutkowski jest absolwentem Akademii Muzycznej im. F. Chopina w Warszawie. Po ukończeniu edukacji w Warszawie, odbył studia doktoranckie na macierzystej uczelni pod kierunkiem prof. Alicji Palety-Bugaj. W latach 2005-2010 odbył mistrzowskie studia podyplomowe w Hochschule für Musik und Theater w Hamburgu w klasie prof. Jewgenija Koroliova. W 2007 roku Hubert Rutkowski wygrał Międzynarodowy Konkurs Chopinowski w Hanowerze. Zdobył również wyróżnienie „Medalla per Unanimitat” na Międzynarodowym Konkursie Pianistycznym Marii Canals w Barcelonie (2006 r.). Do swoich osiągnięć moze również zaliczyć I nagrodę na Ogólnopolskim Konkursie Pianistycznym w Warszawie (2000 r.) oraz III nagrodę na Międzynarodowym Konkursie Pianistycznym im. Fryderyka Chopina w Wilnie (1999 r.).
W ostatnich latach pasją Huberta Rutkowskiego stały się fortepiany historyczne XIX wieku. Jako pianista i pedagog współpracuje z Museum für Kunst und Gewerbe w Hamburgu, gdzie prowadzi cykl koncertów na instrumentach kolekcji Andreasa Beuermanna. Hubert Rutkowski jest założycielem i prezesem Towarzystwa Muzycznego im. Teodora Leszetyckiego w Warszawie, jak również dyrektorem artystycznym Towarzystwa Chopinowskiego w Hamburgu oraz Niemieckiego Konkursu Pianistycznego Muzyki Polskiej w Hamburgu. W kwietniu 2010 roku objął stanowisko profesora Hochschule für Musik und Theater w Hamburgu, jako jeden z najmłodszych profesorów tej uczelni. Od listopada 2011 roku prowadzi również klasę fortepianu w Hochschule für Künste w Bremen.