Według historyków Michał Anioł miał się ukryć w kaplicy Medyceuszów, ponieważ w ten sposób chciał uniknąć kary papieskiej. Konflikt wybuchł jeszcze w czasach, gdy Michał Anioł był nastolatkiem. Jego prace zauważył wówczas Lorenza de Medici, którzy rządził Florencją. Medyceusz postanowił zaopiekować się młodym artystą. W 1529 roku Michał Anioł dołączył do buntu Florentczyków, którzy sprzeciwiali się autorytarnym rządom Medyceuszy. Na czele kościoła stał wówczas Klemens VII, który był spokrewniony z przywódcą Florencji. Po 10 miesiącach buntownicy przegrali i w większości zostali skazani na kary pozbawienia wolności.
Dlatego też Michał Anioł robił wszystko, aby uniknąć aresztu. W sumie w pomieszczeniu miał spędzić około trzech miesięcy. Aby urozmaicić sobie czas, postanowił za pomocą kawałków węgla stworzyć rysunki na ścianach, które przedstawiały jego samego albo Jezusa Chrystusa. W listopadzie 1530 roku Medyceusze ogłosili, że wybaczają artyście to, że przystąpił do buntu.
Informacja o tym, gdzie ukrywał się Michał Anioł, przez ponad 500 lat była owiana tajemnicą. Sprawa wyszła na jaw dzięki muzealnikowi Paolo Dal Poggetto, który w 1975 roku odkrył w jednym z pomieszczeń pod Bazyliką San Lorenzo we Florencji tajemniczą kaplicę. Spór historyków dotyczący przeszłości Michała Anioła sprawił, że przez 42 lata kwestia ta nie została podana do wiadomości publicznej. Kaplica ma zostać udostępniona dla zwiedzających w ciągu trzech lat.