„Klotylda” została najprawdopodobniej spalona przez samych handlarzy niewolników, aby ukryć dowody ich działalności. Po 160 latach na dnie rzeki Alabama odkryto szczątki, które pasowały do opisu okrętu używanego do niecnego procederu przed wiekami. Resztki statku znaleziono w miejscu, które wskazał niegdyś kapitan jednostki. Ich odkrycie ułatwił sztorm, który przeszedł nad południowymi wybrzeżami USA i wywołał prądy rzeczne, które wypchnęły szczątki na brzeg.
Odkrycia dokonał Ben Raines, reporter zajmujący się sprawami środowiska naturalnego. Szukał on pozostałości „Klotyldy” od kilku miesięcy i zatrudnił w tym celu ekspertów, mających pomóc mu ustalić, gdzie znajdował się okręt. Ekipa posługiwała się źródłami pisanymi, pozostawionymi przez samych handlarzy niewolników. William Foster, kapitan „Klotyldy” napisał, że w roku 1860 nakazał spalenie i wrzucenie resztek swojego okrętu do rzeki.
Badacze ustalili, że znalezione szczątki pochodzą z połowy XIX wieku i widać na nich ślady ognia. Raines ma nadzieję, że dalsze prace w najbliższych miesiącach pozwolą ustalić w 100 proc. że części należą do „Klotyldy”. – Zgadza się miejsce, konstrukcja i czas. Wszystkie dowody są bardzo przekonujące – przyznał Greg Cook, archeolog z Uniwersytetu Zachodniej Florydy.
Prezydent Thomas Jefferson zakazał sprowadzania do kraju niewolników w 1807 roku, ale praktyka była kontynuowana w południowych stanach. Jednym z kluczowych punktów handlu niewolnikami była miejscowość Mobile w Alabamie. „Klotylda” wyruszyła do Afryki po raz ostatni w 1859 roku i przewiozła do wybrzeży Stanów Zjednoczonych około 100 niewolników.