Gdy media zastanawiały się, czy dojdzie do pielgrzymki Benedykta XVI do Chin, kardynał publicznie odradził mu taką podróż, argumentując, że jest na nią za wcześnie.
Godność kardynalską Joseph Zen otrzymał od obecnego papieża w 2006 roku. Wcześniej spekulowano, że Jan Paweł II mianował chińskiego salezjanina kardynałem in pectore, to znaczy bez podawania tej nominacji do publicznej wiadomości. Powodem miały być ostre poglądy biskupa oraz obawy, że mógłby stać się obiektem prześladowań ze strony chińskich władz.
Kiedy po raz kolejny w Chinach doszło niedawno do mianowania dwóch biskupów bez zgody papieża kardynał Zen nie zawahał się rzucić poważnego wyzwania i to zarówno Watykanowi, jak i władzom w Pekinie. Oświadczył, że Stolica Apostolska powinna zerwać dialog z Pekinem w sprawie nawiązania stosunków dyplomatycznych.
Za niezwykle symboliczną uznano przed rokiem decyzję Benedykta XVI o powierzeniu kardynałowi z Hongkongu napisania rozważań, towarzyszących Drodze Krzyżowej w Koloseum. Chiński purpurat dedykował je męczennikom XXI wieku, wymieniając wśród nich wiernych i hierarchów Kościoła katolickiego w swym kraju.pap, em