17 maja Chodorkowski, były szef koncernu naftowego Jukos, i Lebiediew, jego partner biznesowy, zwrócili się do Komitetu Śledczego FR o wszczęcie śledztwa przeciwko Daniłkinowi. 6 czerwca Komitet Śledczy FR wszczął postępowanie sprawdzające. Kierował nim śledczy do spraw o szczególnym znaczeniu przy przewodniczącym Komitetu Śledczego FR, generał-major Aleksandr Drymanow. Wcześniej prowadził on śledztwo w drugiej sprawie Chodorkowskiego i Lebiediewa.
W grudniu 2010 roku Chamowniczeski Sąd Rejonowy skazał obu biznesmenów na 13,5 roku łagru za rzekome przywłaszczenie 218 mln ton ropy naftowej i wypranie uzyskanych w ten sposób pieniędzy. W lutym 2011 roku ówczesna sekretarz prasowa tego sądu Natalia Wasiljewa oświadczyła, że wyrok na Chodorkowskiego i Lebiediewa nie został napisany przez Daniłkina, lecz przysłany z Moskiewskiego Sądu Miejskiego.
Zarówno Daniłkin, jak i Moskiewski Sąd Miejski temu zaprzeczyli. Wkrótce po tej historii Wasiljewa ogłosiła, że została zmuszona do odejścia z sądu. W kwietniu były dyrektor administracyjny w Chamowniczeskim Sądzie Rejonowym Igor Krawczenko potwierdził wersję Wasiljewej. Według niego, Daniłkin był pod silną presją ze strony Moskiewskiego Sądu Miejskiego.
W maju Moskiewski Sąd Miejski oddalił apelacje obu biznesmenów od wyroku sądu I instancji. Złagodził jednak kary wymierzone im przez Chamowniczeski Sąd Rejonowy do 13 lat pozbawienia wolności. Sąd uznał, że ilość rzekomo zdefraudowanej przez podsądnych ropy była mniejsza o 130 mln ton. Był to drugi proces Chodorkowskiego i Lebiediewa. W pierwszym, w 2005 roku, zostali oni skazani na osiem lat pozbawienia wolności za domniemane oszustwa podatkowe i uchylanie się od płacenia podatków.
Dwaj przedsiębiorcy konsekwentnie odpierali wszystkie wysunięte wobec nich zarzuty, uważając je za sfabrykowane i politycznie umotywowane. Prowadzący postępowanie sprawdzające w sprawie oskarżeń wobec Daniłkina przesłuchali w charakterze świadka Wasiljewą. Przedstawiła ona śledczym dokument który - według niej - jest fragmentem brudnopisu wyroku, napisanego przez Daniłkina. Wynika z niego, że sędzia chciał skazać Chodorkowskiego i Lebiediewa na 10 lat łagru. Wymierzenie im wyższych kar - twierdzi była sekretarz prasowa Chamowniczeskiego Sądu Rejonowego - wymusił na Daniłkinie Moskiewski Sąd Miejski. Rzecznik Markin oświadczył, że dokument zaprezentowany przez Wasiljewą mógł zostać spreparowany w prowokacyjnych celach.
PAP, arb