Z nieoficjalnych informacji RMF FM wynika, że chodzi o kłopoty z identyfikacją genetyczną kolejnych ofiar komunistów, a także o prace badawcze i poszukiwawcze m.in. na Wołyniu. Krzysztof Szwagrzyk, który kierował w IPN pionem poszukiwań ofiar stalinizmu miał nie podać powodów rezygnacji. – Nie chcę w żaden sposób odnosić się do pana pytania, nie chcę i nie mogę. Nie chcę i nie będę teraz niczego komentował – mówił Szwagrzyk w rozmowie z RMF FM. We wtorek zebrać się ma kolegium IPN.
Od kilku lat kieruje w IPN zespołem poszukiwań tajnych miejsc pochówku ofiar reżimu komunistycznego. Kieruje pracami ekshumacyjnymi m.in. na „Łączce” na warszawskim Wojskowym Cmentarzu na Powązkach (rozpoczęte 23 lipca 2012). Dzięki pracy zespołu udało się odnaleźć i zidentyfikować szczątki legendarnych dowódców podziemia niepodległościowego, m.in. mjr. Zygmunta Szendzielarza „Łupaszkę” mjr. Hieronima Dekutowskiego „Zaporę”, a także ostatniego dowódcę NSZ ppłk. Stanisława Kasznicę. Prace pod jego kierunkiem odbywają się również na Służewcu oraz na Cmentarzu Bródnowskim w Warszawie, na Opolszczyźnie, gdzie prowadzi poszukiwania żołnierzy Henryka Flamego „Bartka”, w Białymstoku, w Rzeszowie, na Cmentarzu Garnizonowym w Gdańsku, gdzie we wrześniu 2014 roku zostały odnalezione m.in. szczątki Danuty Siedzikówny „Inki”.
Profesor Szwagrzyk w 2007 roku został odznaczony przez prezydenta RP Lecha Kaczyńskiego Złotym Krzyżem Zasługi. W 2013 roku otrzymał Nagrodę „Człowiek Wolności” w konkursie tygodnika „w Sieci”, tytuł Człowieka Roku 2013 „Gazety Polskiej” oraz Nagrodę im. Lecha Kaczyńskiego, przyznaną przez Zarząd Ruchu Społecznego im. Prezydenta RP Lecha Kaczyńskiego. Za kierowany przez niego projekt poszukiwań i identyfikacji ofiar komunizmu pochowanych na „Łączce” IPN został jednym z laureatów nagrody „Strażnik Pamięci 2013”, przyznawanej przez tygodnik „Do Rzeczy”. W 2014 r. otrzymał nagrodę „Wacław Jędrzejewicz History Medal”, przyznaną przez Instytut Józefa Piłsudskiego w Ameryce. W 2015 r. został odznaczony przez Prezydenta RP Andrzeja Dudę Krzyżem Kawalerskim Orderu Odrodzenia Polski „za wybitne osiągnięcia w dokumentowaniu i upowszechnianiu prawdy o najnowszej historii Polski”. 4 sierpnia 2016 r. został powołany w skład Kapituły Orderu Odrodzenia Polski.