Do pokaźnego zadłużenia mieli doprowadzić poprzedni prezesi Instytutu: Mieczysław Wachowski i Piotr Gulczewski. Wałęsa po otrzymaniu wieści o złym stanie finansów swojej instytucji i możliwości zlikwidowania jej, przeprowadził poważne zmiany kadrowe. Wymieniona została cała rada nadzorcza, zaś obecny prezes Instytutu, Jerzy Stępień, zdecydował się na ustąpienie ze stanowiska. Instytutem Lecha Wałęsy mają zajmować się teraz osoby z kręgu rodziny i przyjaciół byłego prezydenta.
– Postawiłem sobie za cel zbadanie, jak wglądają finanse Instytutu. Razem z radą nadzorczą wykonaliśmy to zadanie. Kiedy byliśmy u końca tej pracy, to okazało się, że fundator bardzo istotnie zmienił skład rady nadzorczej. Pozostali członkowie rady poczuli się dotknięci sposobem zmiany i zachowaniem niektórych nowych członków rady, więc złożyli rezygnacje – wyjaśnił Stępień.
Przeprowadzenie wspomnianego audytu zlecił Jerzy Stępień rok temu. Jego wyniki zostały ogłoszone przed kilkoma tygodniami. Z raportu wynika, że dług Instytutu stopniowo się zmniejsza. Obecnie wynosi ponad milion złotych. W pewnym momencie zadłużenie wynosiło około 1,7 miliona złotych.