Uroczystej mszy pogrzebowej przed żoliborskim kościołem przewodniczył metropolita warszawski abp Kazimierz Nycz. Uczestniczyli w niej kapłani archidiecezji warszawskiej, matka ks. Popiełuszki Marianna, przewodniczący Solidarności Janusz Śniadek, delegacje "S" ze sztandarami z całego kraju oraz ok. 3 tys. mieszkańców stolicy.
Podczas mszy trumna z ciałem zmarłego kapłana była wystawiona na placu przed kościołem św. Stanisława Kostki. Wystawiono także relikwie bł. ks. Jerzego Popiełuszki. Ks. Malacki przez ponad trzy lata walczył z chorobą nowotworową. Zmarł w sobotę, 7 sierpnia.
Abp Nycz powiedział w homilii, że odszedł kapłan maryjny, który wiele razy przemierzał drogę na Jasną Górę i prowadził metropolitalną pielgrzymkę akademicką. Dlatego - jak podkreślił hierarcha - uroczystości pogrzebowe odbyły się w święto Wniebowzięcia NMP.
Metropolita warszawski podkreślił też związek ks. Małeckiego z ks. Jerzym Popiełuszką. "Był on nieformalnym postulatorem beatyfikacji księdza Jerzego. Gdyby nie jego troska o rozwój kultu księdza Jerzego, proces beatyfikacyjny z całą pewnością trwałby o wiele dłużej" - powiedział arcybiskup. Dodał, że zmarły kapłan bardzo chciał dożyć beatyfikacji ks. Jerzego Popiełuszki - to pragnienie trzymało go przy życiu.
W ocenie abp. Nycza, ks. Malacki "był dobrym, ciepłym, dobrze współpracującym z wikarymi proboszczem parafii św. Stanisława Kostki". Zaznaczył, że życie ks. Malackiego było związane z ks. Popiełuszką i dlatego jego miejsce jest obok niego. Przypomniał, że ks. Malacki studiował z ks. Jerzym i przez pół roku mieszkali w jednym pokoju.
"Niewątpliwie, oprócz tych wszystkich, którzy pełnili role oficjalne w procesie beatyfikacyjnym ks. Jerzego Popiełuszki, to ks. Malacki był takim nieformalnym postulatorem tej sprawy, w tym znaczeniu, że rozwijał kult religijny ks. Jerzego. Był inicjatorem m.in. powstania Muzeum ks. Popiełuszki w podziemiach kościoła św. Stanisława Kostki" - podkreślił abp Nycz.
Jak powiedział, był to "człowiek, ksiądz, proboszcz, który potrafił w sobie i w swoim życiu kapłańskim połączyć kilka ważnych znaczących nurtów i to połączyć w sposób udany (...) Stanął u podstaw takich dzieł, które trwają do chwili obecnej" - podkreślił hierarcha.
Przypomniał, że ks. Malacki, kiedy był duszpasterzem w warszawskim kościele św. Anny, potrafił nawiązywać dobre kontakty z młodzieżą akademicką. Do śmierci spotykał się ze swoimi wychowankami, a nawet ich synami i wnukami.
"Był też inicjatorem Warszawskiej Pielgrzymki Akademickiej, która w sobotę dotarła na Jasną Górę. Jest to też pewien symbol, że ks. Malacki umarł w czasie pielgrzymki" - podkreślił abp Nycz. Przypomniał też, że to właśnie ks. Malacki był inicjatorem wielkopiątkowej Drogi Krzyżowej ulicami Warszawy, a także Drogi Krzyżowej ludzi pracy ulicami Żoliborza.
Listy kondolencyjne nadesłali: prymas-senior kard. Józef Glemp i prymas abp Józef Kowalczyk. Ks. Maleckiego podczas uroczystości pogrzebowych żegnali między innymi: przewodniczący Krajowej Komisji Solidarności Janusz Śniadek, przedstawicielka młodzieży akademickiej, przedstawiciel kapłanów archidiecezji warszawskiej.
Ks. prałat Zygmunt Malacki (ur. 1948) od czerwca 1998 był proboszczem parafii św. Stanisława Kostki w Warszawie. Tu w każdą ostatnią niedzielę miesiąca odprawiał msze za ojczyznę, które były kontynuacją mszy za ojczyznę sprawowanych przez bł. ks. Jerzego Popiełuszkę.
W czasie dwunastoletniej pracy w parafii św. Stanisława Kostki przebudował prezbiterium świątyni, zakończył budowę Domu Pielgrzyma "Amicus" im. ks. Jerzego Popiełuszki. Wraz z zespołem współpracowników stworzył w podziemiach kościoła św. Stanisława Kostki Muzeum ks. Jerzego Popiełuszki.
Był organizatorem czerwcowych uroczystości beatyfikacyjnych w Warszawie. Ks. Jerzy Popiełuszko został pochowany przy kościele św. Stanisława Kostki na warszawskim Żoliborzu 3 listopada 1984 roku. Grób został poświęcony w czerwcu 1986 roku przez biskupa Jerzego Modzelewskiego w obecności rodziców, rodzeństwa i przyjaciół ks. Jerzego. Grób księdza Jerzego odwiedziło ok. 20 mln pielgrzymów.