W czerwcu 2010 roku Prokuratura Apelacyjna w Gdańsku skierowała do Sądu Rejonowego w Sopocie akt oskarżenia przeciwko Karnowskiemu zawierający sześć zarzutów, w tym pięć korupcyjnych. Już w lipcu sopocki sąd zwrócił go prokuraturze, uznając, że przedstawiony przez śledczych materiał dowodowy (w tym m.in. opinie biegłych) wymaga uzupełnienia. Prokuratura złożyła zażalenie na tę decyzję, jednak Sąd Okręgowy w Gdańsku podtrzymał decyzję sopockiego sądu.
Wśród zarzutów postawionych Karnowskiemu przez Prokuraturę Apelacyjną znalazło się, m.in. żądanie w marcu 2008 r. łapówki w postaci dwóch mieszkań od Sławomira Julke. Zdaniem biznesmena, który planował przebudować strych kamienicy w Sopocie, prezydent chciał dostać lokale jako zapłatę za pomoc w uzyskaniu od swoich urzędników koniecznych pozwoleń na przebudowę. Przedsiębiorca nagrał rozmowę z prezydentem Sopotu i dostarczył śledczym kopię nagrania. Jak zeznał Julke, dyktafon, na którym znajdował się oryginał, został zniszczony. Prokuratura oskarżyła też Karnowskiego o przyjęcie korzyści majątkowych w wysokości ok. 60 tys. zł od miejscowego dealera samochodowego Włodzimierza G. Miał on m.in. sprzedać prezydentowi Sopotu trzy auta po zaniżonej cenie i za darmo je serwisować. Ostatni zarzut korupcyjny dotyczył relacji Karnowskiego z miejscowym przedsiębiorcą Marianem D. Według prokuratury prezydent przyjął od niego korzyść majątkową w postaci wykonanych bezpłatnie na swojej posesji usług budowlanych o wartości 2 tys. zł.
Karnowski odpiera wszystkie zarzuty prokuratury: zaprzecza jakoby kupował auta po zaniżonej cenie, twierdzi też, że nagranie rozmowy, w czasie której miał złożyć rzekomą korupcyjną propozycję Sławomirowi Julkemu, zostało przez biznesmena zmanipulowane.
PAP, arb