Marek Ziółkowski ukończył studia filozoficzne na Uniwersytecie Warszawskim. Karierę dyplomatyczną rozpoczął w 1991 r. jako konsul na Białorusi. Po przekształceniu w 1992 r. ówczesnego konsulatu w Mińsku w Ambasadę RP, pełnił do 1996 r. funkcję zastępcy szefa misji. W MSZ w latach 1997-2001 zajmował się problematyką państw Europy Wschodniej, jako zastępca dyrektora i dyrektor Departamentu Europy Wschodniej.
W maju 2001 r. został mianowany Ambasadorem RP w Kijowie, gdzie pełnił misję do 2005 r. Po powrocie do centrali MSZ, w latach 2006-2008 był zastępcą dyrektora Departamentu Polityki Bezpieczeństwa, a następnie dyrektorem Departamentu Współpracy Rozwojowej (2008-2011).
W czerwcu 2012 r. mianowano go ambasadorem RP w Kenii i 9 innych krajach Afryki Wschodniej oraz Stałym Przedstawicielem RP przy UNEP i UN Habitat.
Nowy wiceminister jest autorem wielu publikacji na temat Białorusinów i Ukraińców w Polsce. W 2008 r. opublikował książkę „Projekt Ukraina”. Odznaczony Krzyżem Kawalerskim Orderu Odrodzenia RP i ukraińskim Orderem Jarosława Mądrego V klasy.