Mszy świętej przewodniczył biskup pomocniczy Archidiecezji Krakowskiej ks. Jan Zając. Wszyscy duchowni byli ubrani w białe szaty, bardzo rzadko stosowane w liturgii żałobnej - kolor ten symbolizuje wiarę zgromadzonych w prawdę o Zmartwychwstaniu.
O Janie Pawle II przypominał ustawiony na ołtarzu polowym pusty fotel, w którym papież zasiadał podczas pielgrzymek do Krakowa. Bp Zając miał na sobie ornat, który nosił Ojciec Święty w czasie poświęcenia bazyliki w Sanktuarium Miłosierdzia Bożego w Łagiewnikach. Podczas liturgii użyto także kielicha z Łagiewnik. Na ołtarzu polowym, na ogromnym telebimie, widać było twarz Chrystusa Miłosiernego.
Po zakończeniu mszy zgromadzeni odśpiewali "Barkę" - ulubioną pieśń Jana Pawła II. Skupieni i wyraźnie wzruszeni ludzie śpiewali słowa pieśni przy blasku tysięcy płonących świec. Część osób milczała, niektórzy płakali.
"Barkę" śpiewano papieżowi także w 2002 r. po mszy na Błoniach. Jan Paweł II powiedział wtedy, że właśnie tę pieśń miał w uszach, kiedy usłyszał wybór konklawe i nie rozstawał się z nią przez wszystkie lata pontyfikatu. "Była jakimś ukrytym tchnieniem Ojczyzny, była też przewodniczką na różnych drogach Kościoła i ona przyprowadzała mnie wielokrotnie tu - na krakowskie Błonia, pod Kopiec Kościuszki" - wyznał.
Następnie odczytany został SMS od przebywającego w Rzymie metropolity krakowskiego kardynała Franciszeka Macharskiego. "Jestem z Wami przy Świętym Piotrze. Tu i tam wasz" - napisał kardynał. Po odczytaniu tej wiadomości wierni długo klaskali.
Punktualnie o godz. 21.37 pielgrzymi zgromadzeni na krakowskich Błoniach zastygli w milczeniu. Płonęły tysiące świec. Wieczorem odbył się "Apel Jasnogórski". "Papież był dzieckiem swojej epoki, ale wyraźnie ją przerastał" - powiedział wiernym bp Józef Guzdek.
Wierni modlili się przed ikoną Matki Bożej "Stolicy Mądrości", którą papież w czasie Wielkiego Jubileuszu w 2000 r. przekazał środowiskom akademickim na całym świecie. Od tego czasu obraz wędruje po różnych krajach. Obecnie jest w Krakowie.
Biskup pomocniczy Archidiecezji Krakowskiej ks. Józef Guzdek powiedział: "W ciągu ostatnich dni zamieniliśmy wygodę i odpoczynek na trud refleksji i modlitwy, na wielkie dziękczynienie za pontyfikat Jana Pawła II". Dodał, że jest przy tym wiele życzliwości i dobroci nawet wśród niedawnych wrogów.
"Nie słyszymy dziś narzekania, ale wiernie trwamy na modlitwie przy Janie Pawle II, świadku Chrystusowej prawdy, miłości i wolności" - powiedział bp Guzdek. "Papież był dzieckiem swojej epoki, ale wyraźnie ją przerastał. Czerpiąc z Ewangelii i doświadczenia długiej historii Kościoła, przygotował terapię duchową i moralną dla nas i przyszłych pokoleń".
"Nie szukał popularności, ale prawości" - podkreślił biskup. "Za to, kim był, zawsze płacił wysoką cenę i nigdy się tego nie bał" - dodał.
"Ojcze Święty, jeszcze raz przychodzimy do Ciebie, abyś nas umocnił przykładem swego życia. Jeszcze raz odkrywamy, co może jeden człowiek i jak działa świętość" - powiedział bp Guzdek.
W imieniu wiernych biskup obiecał, że my - Polacy i krakowianie - będziemy pamiętać o modlitwie za papieża, o tym wyjątkowym pontyfikacie, o przesłaniu, które zostawił Jan Paweł II, o spotkaniach na ul Franciszkańskiej i na krakowskich Błoniach i o niezwykłych wydarzeniach po śmierci Ojca Świętego.
"Czujemy się odpowiedzialni za to wielkie dziedzictwo, któremu na imię Jan Paweł II. To imię nas wszystkich określa, to imię nas wszystkich zobowiązuje" - powiedział bp Guzdek.
Na zakończenie wspólnej modlitwy za Jana Pawła II zgromadzeni śpiewali: "Kochamy Cię, Dziękujemy Ci, Jesteś wśród nas", "Kraków kocha Cię, Kraków dziękuję Ci, Zostań wśród nas".
Mszę poprzedził Biały Marsz Wdzięczności za pontyfikat Jana Pawła II, który przeszedł z Rynku Głównego na Błonia w Krakowie. Idący na czele nieśli transparent z napisem: "Ojcze Święty, dziękujemy". Według szacunków policji, uczestniczyło w nim około 500 tys. osób.
Marsz ruszył po godz. 17. spod Bazyliki Mariackiej na Rynku Głównym, aby przejść "trasą papieską", czyli ulicami: Grodzką, Franciszkańską, Straszewskiego i Piłsudskiego na Błonia.
Wśród idących najwięcej było młodych ludzi: uczniów i studentów, ale szli też starsi mieszkańcy miasta, żołnierze w galowych mundurach podhalańczyków i hutnicy. Wiele osób ubranych było na biało, wszyscy mieli białe akcenty, choćby kokardki ze wstążek przypięte do ubrań. Marsz poruszał się w milczeniu, a o uczuciach idących mówiły dziesiątki transparentów "Twoje słowa żyją w nas", "Szukałeś nas, przyszliśmy, a teraz chcemy iść za Tobą Ojcze", "Dziękujemy Ojcze Święty za Twoją obecność wśród nas".
Na kilka chwil uczestnicy marszu zatrzymali się pod słynnym papieskim oknem w budynku kurii metropolitalnej na ul. Franciszkańskiej 3, w którym pojawiał się papież podczas swoich pielgrzymek do Polski. Na chodniku pod oknem przechodzący zostawiali świece i kwiaty.
Msze święte z udziałem papieża były odprawiane na Błoniach w latach: 1979, 1983, 1987, 1997 i 2002. Dla upamiętnienia wizyt papieża w Krakowie na Błoniach stanął ważący blisko 26 ton granitowy głaz przywieziony z Tatr z napisem: "Ty jesteś skałą". Po śmierci Jana Pawła II każdego dnia gromadzą się w tym miejscu tysiące osób, które palą znicze, składają kwiaty i modlą się.
Czwartkowy marsz nawiązuje do Białego Marszu, jaki 24 lata temu zorganizowali krakowscy studenci na wieść o zamachu na Jana Pawła II. Na znak protestu przeciwko złu na świecie odwołali wówczas Juwenalia i zorganizowali Biały Marsz w duchowej jedności z Ojcem Świętym. Uczestniczyło w nim kilkaset tysięcy studentów, młodzieży i mieszkańców miasta, którzy w cztery dni po zamachu 17 maja 1981 roku milczeniu przeszli z krakowskich Błoń (miejsca mszy odprawionej przez Jana Pawła II w czasie pierwszej pielgrzymki do Polski) do Rynku Głównego, gdzie metropolita krakowski, kardynał Franciszek Macharski odprawił mszę. Modlono się w intencji cierpiącego Ojca Świętego i umierającego w Warszawie prymasa Polski kardynała Stefana Wyszyńskiego.
ks, pap