Jedną z przyczyn złej sytuacji finansowej Przewozów Regionalnych są samorządy, nieskore do podpisywania umów, które oczywiście wiążą się z koniecznością finansowania lokalnych połączeń. Jak na razie na 2011 r. do porozumienia doszło w województwach: małopolskim, kujawsko - pomorskim, opolskim, podkarpackim, świętokrzyskim i pomorskim.
W tym roku dotacje wyniosły 803 mln, czyli 134 mln więcej niż rok wcześniej. Ogólna kwota na 2011 r. nie jest jeszcze znana, bo mogą zostać zawarte kolejne porozumienia. Jednak same wpłaty od lokalnych władz nie uratują spółki, która wymaga zasilenia około 1 mld zł, aby uzyskać stabilność finansową. Niektóre samorządy, widząc taki stan rzeczy, same utworzyły swoje przedsiębiorstwa przewozów pasażerskich. Tak jest już na Dolnym i Górnym Śląsku, w Wielkopolsce i na Mazowszu. Zaostrzone warunki, stawiane przez banki spółkom PKP, potwierdzają poważne obawy o przyszłość tych przedsiębiorstw.