W 2006 roku francuski dziennik w dwóch artykułach wspomniał o kontaktach słynnego klubu piłkarskiego z osławionym bohaterem afery Puerto, a jako dowód cytował "poufne dokumenty" samego Fuentesa. Sąd uznał, że autor artykułu "nie dokonał wystarczającej weryfikacji źródeł", a same publikacje wystawiły na szwank dobry wizerunek klubu.
Fuentes był centralną postacią afery Puerto, która wybuchła w maju 2006 roku. W jego gabinecie w Madrycie policja zarekwirowała aparaturę do nasycania krwi tlenem, wiele pojemników z krwią i notatki z zaszyfrowanymi nazwiskami klientów.
Afera przyspieszyła zakończenie kariery przez znanego niemieckiego kolarza Jana Ullricha i kosztowała dyskwalifikacje innych czołowych zawodników światowego peletonu, m.in. Ivana Basso, Joerga Jaksche, Michele Scarponiego i Alejandro Valverde. W jej kontekście padało również nazwisko trzykrotnego zwycięzcy Tour de France Alberto Contadora, ostatecznie oczyszczonego z zarzutów.
Śledztwo w aferze Puerto było dwukrotnie zamykane, ale wznowiono je w 2009 roku i wciąż jest w toku.pap, ps