Megrahi zmarł w domu w Trypolisie, w otoczeniu rodziny, po długiej walce z rakiem. Jego stan gwałtownie pogorszył się w nocy. W kwietniu Megrahi przeszedł pilną transfuzję krwi i na zmianę od tygodni przebywał albo w domu, albo w szpitalu.
Reżim Muammara Kadafiego wydał Megrahiego Brytyjczykom pod naciskiem sankcji. Megrahi został skazany w 2001 roku przez sąd w Szkocji na co najmniej 27 lat więzienia za umieszczenie ładunku wybuchowego w samolocie amerykańskich linii Pan Am lecącym z Londynu do Nowego Jorku. Bomba eksplodowała, gdy maszyna znajdowała się nad szkocką miejscowością Lockerbie. Zginęło wszystkie 259 osób na pokładzie i 11 na ziemi.
W 2008 roku zdiagnozowano u Megrahiego raka prostaty. 20 sierpnia 2009 roku, na podstawie opinii lekarskiej, zgodnie z którą pozostało mu zaledwie kilka miesięcy życia, został zwolniony i powrócił do Libii. Stany Zjednoczone, których obywatele stanowili większość z ofiar zamachu nad Lockerbie, były oburzone zwolnieniem Libijczyka.
Po wyjściu z więzienia Megrahi milczał, żyjąc w otoczonej wysokim murem rodzinnej willi w Trypolisie, praktycznie przykuty do łóżka, robiąc zaledwie kilka kroków o lasce. Do samego końca utrzymywał, że nie miał nic wspólnego z zamachem. - Jestem niewinnym człowiekiem - powiedział w ostatnim wywiadzie opublikowanym grudniu w kilku brytyjskich gazetach. - Niedługo umrę i proszę teraz, by mnie zostawiono w spokoju razem z rodziną - dodał.
W oczach Libijczyków był ludowym bohaterem, kozłem ofiarnym wykorzystanym przez Zachód do traktowania Libii jak pariasa. Reżim przedstawiał jego przekazanie do Szkocji w 1999 roku jako niezbędną ofiarą, aby Libia mogła wyjść z izolacji.
Upadek Muammara Kadafiego w sierpniu zeszłego roku i jego śmierć dwa miesiące później nie przyczyniły się do rozwiania niejasności otaczających sprawę zamachu nadal po skazaniu Megrahiego, który według prokuratorów nie działał w pojedynkę. Po upadku Kadafiego Wielka Brytania zwróciła się do nowego rządu libijskiego o pomoc w pełnym zbadaniu tej sprawy, co jednak zostało odłożone na nieokreśloną przyszłość.
O samym Megrahim wiadomo było niewiele. Podczas procesu określano go jako szefa bezpieczeństwa libijskich linii lotniczych z ramienia wywiadu, a świadkowie zeznawali, że negocjował zakup wyposażenia dla tajnych służb i wojska.
Kluczowe znaczenie w skazaniu Megrahiego miało zeznanie sklepikarza z Malty, gdzie załadowano walizkę z elementami bomby. Sklepikarz zidentyfikował Libijczyka jako człowieka, który kupił podkoszulek w jego sklepie. Szczątki tego podkoszulka znaleziono owinięte wokół detonatora. Jednak szkoccy sędziowie, którzy rewidowali materiał dowodowy, podali w wątpliwość rozpoznanie Megrahiego przez sklepikarza i stwierdzili, że koszulkę nabyto w dniu, w którym Megrahiego na Malcie nie było.mp, pap