Prezydenta Macedonii pochowano na cmentarzu miejskim w Skopje. W dniu pogrzebu ogłoszono żałobę; w mieście zamknięte są restauracje i kawiarnie.
W ceremonii pogrzebowej wzięło udział 67 delegacji, w tym trzynastu prezydentów. Wśród przybyłych na pogrzeb byli m.in. przewodniczący Komisji Europejskiej Romano Prodi, sekretarz generalny NATO Jaap de Hoop Scheffer i były szef NATO George Robertson, który przyjaźnił się ze zmarłym.
Ze strony polskiej w uroczystościach pogrzebowych uczestniczył prezydent Aleksander Kwaśniewski, który przekazał wcześniej wdowie po prezydencie Krzyż Wielki Orderu Zasługi RP.
W dniu, kiedy zginął Trajkowski, szef rządu macedońskiego Branko Crwenkowski miał przedstawić w Dublinie premierowi Irlandii Bertie Ahernowi wniosek w sprawie przyszłego członkostwa Macedonii w Unii Europejskiej. Macedońską prezentację w Dublinie i rozmowy szefów rządów odwołano, kiedy nadeszła wiadomość o śmierci Trajkowskiego.
Śmierć prezydenta wywołała szok: Trajkowski opowiadał się za większym udziałem macedońskich Albańczyków w strukturach władzy państwowej. W liczącej niewiele ponad 2 mln mieszkańców Macedonii jedną czwartą stanowią Albańczycy.
Wciąż trwają kontrowersje wokół przyczyny katastrofy samolotu, którym podróżował prezydent Macedonii. Telewizja Federacji Bośni i Hercegowiny FVT powołując się na źródła policyjne podała, że na mostarskim lotnisku na trzy dni przed lotem macedońskiej delegacji zepsuł się radar służący do naprowadzania samolotów.
Na dodatek, według FVT, kontrolerzy rozmawiali z załogą macedońskiej maszyny po francusku, co jest sprzeczne z międzynarodowymi przepisami lotniczymi, które wymagają kontaktów w języku angielskim. FVT twierdzi, że natychmiast po tragedii kontrolerzy zostali odesłani do Francji.
Rewelacjom FVT zaprzeczył rzecznik sił stabilizacyjnych SFOR Dave Sullivan. Zapewnił, że francuscy kontrolerzy lotów nigdzie nie wyjechali. "Zostali już przesłuchani i pozostają w dyspozycji śledztwa" - powiedział. Dodał, że mają oni "wszelkie kwalifikacje zgodne z międzynarodowymi standardami".
Macedoński premier zwrócił się do NATO, które odgrywa główną rolę w siłach stabilizacyjnych, o zaangażowanie się w śledztwo prowadzone formalnie przez władze bośniackie i nadzorowane przez SFOR.
Trajkowski został prezydentem Macedonii w roku 1999. Miał 47 lat. Był z wykształcenia prawnikiem. Studiował też teologię w Stanach Zjednoczonych. Pozostawił żonę, syna i córkę.
oj, em, pap