Mszy pogrzebowej zmarłego kard. Macharskiego przewodził kardynał Stanisław Dziwisz. W uroczystościach uczestniczyli licznie przedstawiciele duchowieństwa oraz władz państwowych, m.in. prezydent Andrzej Duda z małżonką, premier Beata Szydło oraz parlamentarzyści i władze lokalne.
Telegram od papieża
Na początku odczytany został telegram od papieża Franciszka. Ojciec Święty przypomniał, że miał okazję odwiedzić kard. Macharskiego podczas pielgrzymki do Polski i zaznaczył, że "jest wdzięczny opatrzności" za tę możliwość. Papież wspominał zmarłego kardynała jako duchownego, którzy „pełnił posługę z oddaniem jako duszpasterz, profesor, rektor Seminarium Duchownego, do dnia, w którym Pan polecił mu podjąć spuściznę św. Stanisława i swego bezpośredniego poprzednika Karola Wojtyły, dziś św. Jana Pawła II, na stolicy biskupiej w Krakowie”.
– Z ufnością w Boże miłosierdzie prowadził to dzieło jako ojciec kapłanów i wiernych powierzonych jego pieczy. Przewodził Kościołowi w Krakowie w niełatwych czasach politycznych i społecznych transformacji, z mądrością, ze zdrowym dystansem do rzeczywistości, dbając o poszanowanie godności każdego człowieka, o dobro wspólnoty Kościoła, a zwłaszcza o zachowanie żywej wiary w sercach ludzi – pisał papież.
– W ostatnim etapie życia był bardzo doświadczony cierpieniem, które znosił z pogodą ducha. Również w tym doświadczeniu pozostał świadkiem zawierzenia dobroci i miłosierdziu Boga. Takim pozostanie w mojej pamięci i modlitwie. Niech Pan przyjmie go do swej chwały! – zakończył Franciszek.
Homilię podczas uroczystości pogrzebowej wygłosił kardynał Stanisław Dziwisz.– Czyż nie jest wymownym fakt, że nazajutrz po dniach, w których Kraków rozbrzmiewał wielobarwną i wielojęzyczną rzeszą z całego świata, odszedł do Pana człowiek, który uosabiał najlepsze cechy i wartości naszego stołecznego i królewskiego miasta? – pytał.
Metropolita krakowski podkreślił, że przez wszystkie swoje lata posługi kardynał Franciszek Macharski nie upolityczniał Kościoła, a w swoim życiu i działaniach jako duszpasterz kierował się kultem Bożego Miłosierdzia. – Kardynał Franciszek Macharski zostawia nam przykład człowieka i pasterza dobrego, troskliwego, i jednocześnie ubogiego, o prostym stylu życia – zaznaczył Dziwisz. Kardynał podziękował też siostrom albertynkom, które sprawowały opiekę nad chorym kardynałem. – W imieniu zmarłego dziękuję wszystkim, od których doświadczał pomocy i życzliwości. Lekarzom i pielęgniarkom, którzy się nim troskliwie opiekowali – mówił.
Trumnę z ciałem kardynała Franciszka Macharskiego do katedry wnieśli księża z ostatniego wyświęconego przez niego rocznika. Przy złożeniu jej do krypty obecni byli członkowie rodziny zmarłego a także m.in. prezydent Andrzej Duda z małżonką, premier Beata Szydło, marszałek Senatu Stanisław Karczewski i wicemarszałek Sejmu Małgorzata Kidawa-Błońska oraz biskupi i arcybiskupi. Kardynał spoczął obok księcia kard. Adama Stefana Sapiehy. W czasie składania trumny do krypty bił dzwon Zygmunta.