Prezydent Aleksander Kwaśniewski wetując ustawę o doświadczeniach na zwierzętach, uznał za nieuzasadnione to, że ustawa wyłącza tzw. komisje etyczne z nadzoru nad przebiegiem doświadczeń na zwierzętach oraz pozbawia je prawa decydowania o dopuszczalności przeprowadzania na zwierzęciu doświadczenia, powodującego ból i cierpienie.
Szefowa Kancelarii Prezydenta Jolanta Szymanek-Deresz powiedziała po głosowaniu, że "Sejm poparł weto prezydenckie do ustawy o doświadczeniach na zwierzętach, ponieważ argumentacja przeciwników weta była nieprzekonująca". "Teraz - dodała - albo Sejm ponownie uchwali ustawę z uwzględnieniem postulatów prezydenta, albo zgodzi się z postulatami, iż dotychczasowa ustawa o ochronie zwierząt z 1997 roku jest wystarczająca".
Ustawa o doświadczeniach na zwierzętach miała dostosować prawo polskie do standardów unijnych. Jednak, w opinii prezydenta, argumenty na rzecz dostosowania prawa krajowego do prawa europejskiego nie mogą pogarszać standardów ochrony zwierząt, przewidzianych w obowiązującym w Polsce prawie, w szczególności gdy odpowiada ono już wymogom prawa unijnego.
Ustawa o doświadczeniach na zwierzętach miała zastąpić rozdział 9 ustawy o ochronie zwierząt z 1997 roku dotyczący procedur doświadczalnych z użyciem zwierząt.