Padilla od dwóch lat przebywa w amerykańskim więzieniu wojskowym,
Według resortu sprawiedliwości Padilla miał nawet planować zdetonowanie tzw. "brudnego" ładunku nuklearnego.
Według ujawnionych dokumentów, Padilla i jego wspólnik mieli wytypować trzy wieżowce mieszkalne, do których doprowadzany jest gaz ziemny. Następnie chcieli wynająć po dwa mieszkania w każdym budynku, uszczelnić wszelkie otwory, otworzyć gaz i pozostawić zdalnie sterowane zapalniki czasowe, aby dokonać eksplozji w umówionym czasie.
Przedstawiciele Al-Kaidy odnieśli się sceptycznie co do możliwości Padilli zdetonowania bomby nuklearnej, ale bardzo zainteresowali się wysadzeniem w powietrze wieżowców mieszkalnych.
Według ministerstwa sprawiedliwości, Al-Kaida chciała, aby Padilla dokonał zamachów w Nowym Jorku, chociaż brała też pod uwagę Florydę i Waszyngton.
Terroryści z Al-Kaidy domagali się wysadzenia w powietrze aż 20 budynków równocześnie, ale Padilla wytłumaczył im, że nie może wynająć aż tylu mieszkań, nie wzbudzając podejrzeń.
Padilla, który przeszedł na islam, został aresztowany na lotnisku O'Hare w Chicago 8 maja 2002 roku po przylocie z Pakistanu. Jest przetrzymywany w więzieniu wojskowym w Południowej Karolinie jako tzw. "wrogi bojownik", bez możliwości skorzystania z praw do obrony, przewidzianych w amerykańskim ustawodawstwie.
Do końca czerwca amerykański Sąd Najwyższy ma wydać orzeczenie stwierdzające, czy osoby takie jak Padilla mogą być przetrzymywane w więzieniu wojskowym bezterminowo.
ss, pap