Pod koniec lipca prezydent Lech Kaczyński przyjął rezygnację generała ze stanowiska wiceszefa BBN. Nastąpiło to po medialnych doniesieniach m.in. o tym, że Polko poprowadził płatny wykład dla bankowców i uczył, jak dobierać współpracowników i przewodzić grupie, a także wystąpił w telewizyjnym reality show.
Polko został zastępcą szefa BBN we wrześniu 2006 roku. W przeszłości m.in. dwukrotnie dowodził jednostką specjalną GROM - od maja 2000 r. do lutego 2004 r., a także przez kilka miesięcy - od lutego do jesieni - w 2006 r.
W 2004 r. sam zrezygnował z dowodzenia GROM-em. Mówił, że "miał wiele pomysłów na funkcjonowanie jednostki, które nie uzyskały akceptacji" zwierzchników. Ówczesny szef MON Jerzy Szmajdziński podkreślał wtedy, że - choć "z żalem" - uszanował jego decyzję. Media pisały o konflikcie Polki ze Sztabem Generalnym. On sam wyjaśniał wtedy, że złożył wypowiedzenie, "gdyż system nie akceptuje inności". "Blokowanie mojego udziału w procesie decyzyjnym związanym z rozwojem GROM pozbawiło mnie faktycznej władzy i kontroli nad jednostką - nie pozbawiło mnie jedynie odpowiedzialności" - podkreślał.
Po odejściu z GROM-u Polko był doradcą prezydenta stolicy Lecha Kaczyńskiego. W listopadzie 2005 r. został doradcą szefa MSWiA Ludwika Dorna do spraw antyterrorystycznych. W 2006 r. decyzją ówczesnego szefa MON Radosława Sikorskiego został przywrócony do czynnej służby (z której odszedł w styczniu 2004 r.) i "wrócił" do GROM-u. "Płk Polko zdjął na kilkanaście miesięcy mundur, ale to jest doświadczony oficer; wojsko zainwestowało w niego dużo, tak jak inwestuje się w każdego komandosa" - mówił wtedy Sikorski. Jesienią 2006 roku Polko przeszedł do BBN.
Polko ukończył Wyższą Szkołę Wojsk Zmechanizowanych we Wrocławiu na kierunku rozpoznawczym. Służył m.in. w 1. Pułku Specjalnym w Lublińcu i krakowskich "Czerwonych Beretach". Był także dowódcą 6. Batalionu Desantowo-Szturmowego w Niepołomicach oraz 18. Batalionu Desantowo-Szturmowego z Bielska-Białej, który wchodził w skład NATO-wskiego kontyngentu KFOR w Kosowie.
Zgodnie z ustawą o służbie wojskowej żołnierzy zawodowych, nie wolno im podejmować pracy zarobkowej - z zastrzeżeniem sytuacji, gdy mają na to zgodę przełożonego. Przepisy regulują, że w przypadku zwolnienia żołnierza zawodowego ze stanowiska przez prezydenta organem właściwym do przeniesienia go do rezerwy kadrowej jest minister obrony. Okres przebywania w rezerwie kadrowej nie może być jednorazowo dłuższy niż dwa lata.pap, em