Jak ustaliła gazeta, chciał przeciąć pogłoski o rzekomej współpracy z SB i wyprzedzić prolustracyjnych dziennikarzy interesujących się jego teczką. Z informacji "GW" wynika także, że informacje o "sensacyjnej" zawartości jego teczki rozpowszechniał też entuzjasta lustracji w Kościele ks. Tadeusz Isakowicz-Zaleski.
Gazeta zauważa, że abp Kowalczyk to hierarcha zdystansowany wobec Radia Maryja. W opublikowanym ostatnio wywiadzie-rzece stwierdził, iż "radio katolickie nie jest po to, żeby pchać ludzi do piekła, a innych gloryfikować lub stwarzać podziały społeczne". W 2006 r. napisał do abp. Józefa Michalika ostry list w sprawie toruńskiej rozgłośni.
Namawiał też do wyważonej oceny stanu wojennego, bo "zło, które mogło zaistnieć, gdyby ktoś z ludzi sprowokował społeczeństwo do otwartej walki, przyniosłoby nieobliczalne skutki".