Konferencja Wannsee odbyła się z inicjatywy Reinharda Heydricha, szefa Głównego Urzędu Bezpieczeństwa Rzeszy (RSHA). Pomimo całkowitej tajności spotkania, znamy jego przebieg. Ocalała jedna kopia protokołu, znalezionego w 1947 roku w aktach niemieckiego Ministerstwa Spraw Zagranicznych. Dokument sporządził bezpośrednio podlegający Heydrichowi specjalista od wysiedleń i deportacji, Adolf Eichmann, którego późniejszy proces w Izraelu przyciągnął międzynarodową uwagę. Podobno Eichmann musiał czterokrotnie przepisywać protokół, aby spełnić wymagania przełożonego. Ani razu nie padają w nim słowa: komorowy gazowe, ludobójstwo, praca niewolnicza, czy obozy koncentracyjne, jednak w wyrazisty sposób dokumentuje on plan zamordowania wszystkich Żydów Europejskich i aktywne uczestnictwo niemieckiej administracji państwowej w tym ludobójstwie.
Hitler nie podjął decyzji o pozbyciu się Żydów w 1945 roku, ale już w 1933. Rozważano wiele programów usunięcia ludności żydowskiej z Niemiec a później całej Europy. Pierwszym z nich była przymusowa emigracja niemieckich Żydów do państw sąsiadujących. Ten plan szybko upadł ze względu na opór krajów, które nie chciały przyjmować imigrantów. Jedynym państwem, do którego przed wojną ludność żydowska mogła wjechać bez specjalnego pozwolenia była Republika Chin. Rozważano również plan madagaskarski – aby wywieść wszystkich Żydów niemieckich na wyspę położoną na Oceanie Indyjskim i zmusić do niewolniczej pracy na śmierć. Teoretycznie był to plan możliwy do realizacji, jednakże na drodze stanęli Brytyjczycy, którzy kontrowali drogi morskie. Postanowiono więc urzeczywistnić plan madagaskarski w Europie.
Jak wiemy eksterminacja Żydów rozpoczęła się na froncie wschodnim, gdzie Einsatzgruppen w okrutny sposób rozstrzeliwały ludność żydowską, wcześniej zmuszając do wykopania własnych grobów. Szacuje się, że w ten sposób straciło życie dwa miliony osób. Było to jednak rozwiązanie zbyt kosztowne. Również samochody z mobilnymi komorami gazowymi okazały się zbyt mało efektywne. Hitler chciał mordować szybciej i taniej – ten problem mieli rozwiązać dygnitarze w Wannsee. Podczas konferencji zostały omówione deportacje „na wschód”, gettonizacja i praca niewolnicza, jak również wszystkie kwestie prawne związane z małżeństwami mieszanymi, pół Żydami i ćwierć Żydami. Postanowienia zakładały sterylizację wszystkich półkrwi Żydów pozostających w Niemczech.
Obecnie w willi znajduje się miejsce Pamięci i Edukacji Historycznej założone w 1992 i będące spełnieniem usilnych starań żydowskiego historyka Josepha Wulfa. Wulf zabiegał o stworzenie muzeum już w latach 1965-72, jednak w wyniku braku zainteresowania władz i społeczności niemieckiej jego cele zostały zrealizowane znacznie później. Wulf przetrwał Holokaust, ale po śmierci żony i ze względu na bezowocność dążeń do zwrócenia uwagi publicznej na zbrodnię nazistowskie, popełnił samobójstwo. Stała ekspozycja w domu konferencji Wannsee została otwarta dopiero w 2006 roku. W jej skład wchodzą wystawy poświecone rasizmowi i nienawiści do Żydów, polityce rasistowskiej Niemiec w latach 1933-39, ludobójstwie w czasie drugiej wojny światowej oraz dokładny opis konferencji. Wstęp do muzeum i oprowadzanie z przewodnikiem (codziennie o godzinie 16:00 i 17:00) są bezpłatne.
Na postawie protokołu z konferencji Wannsee powstała wybitna brytyjska sztuka telewizyjna pod tytułem „Conspiracy” w reżyserii Franka Piersona. W rolę Heydricha wcielił się Kenneth Branagh. Gdy po obejrzeniu filmu, usiądzie się w tej samej sali, w której obradowali SS-mani, to wydaje się, że światło podające z przeszklonych drzwi, nie powinno być tak jasne, a woda jeziora Wannsee tak przepięknie niebieska. W końcu piętnastu panów w tym samym pokoju podjęło decyzję o zamordowaniu sześciu milionów osób.