Akcja policji wywołała krytykę; opozycja żądała dymisji ówczesnego szefa MSWiA Krzysztofa Janika. Specjalna komisja MSWiA uznała, że doszło do uchybień, bo m.in. nie przygotowano wariantów akcji i właściwego zabezpieczenia medycznego; nie było też informacji operacyjnych nt. rozmieszczenia min.
Na ławie oskarżonych znaleźli się Grażyna Biskupska - b. naczelnik wydziału ds. walki z terrorem kryminalnym Komendy Stołecznej Policji, Kuba Jałoszyński - b. dowódca pododdziału antyterrorystycznego i Jan P. - b. zastępca komendanta stołecznego policji. Groziło im do 8 lat więzienia. Nie przyznali się oni do zarzutów niedopełnienia obowiązków w trakcie przygotowania i przeprowadzenia akcji oraz nieumyślnego spowodowania zagrożenia dla życia i zdrowia policjantów.
"Decyzja ws. apelacji zostanie podjęta po zapoznaniu się z uzasadnieniem wyroku" - powiedział PAP rzecznik Prokuratury Okręgowej w Ostrołęce Andrzej Rycharski. Dodał, że nie ma informacji o powodach niestawienia się prokuratora na wyroku; przypomniał, że nie jest to obowiązek.
"Wyrok bardzo cieszy; w pracy policyjnej zawsze istnieje ryzyko; pewnych sytuacji, zachowań przestępców nie można przewidzieć" - powiedział PAP rzecznik KGP Mariusz Sokołowski. "To była pierwsza tego typu sytuacja nie tylko w Polsce, ale też w Europie, kiedy policjanci podczas zatrzymywania przestępców natrafili na ukryte ładunki wybuchowe. Ta tragiczna akcja była później prezentowana i analizowana podczas szkoleń nie tylko polskich, ale też zagranicznych antyterrorystów" - podkreślił.
"Magdalenka wstrząsnęła polską policją. Przez te lata bardzo trudno nam było mówić o tej sprawie w kategoriach błędu. Osoby, które kierowały tą akcją, mają bardzo duże doświadczenie, mają też na swoim koncie zatrzymania najpoważniejszych przestępców" - podkreślił rzecznik. Przyznał, że wydarzenia z 2003 r. wpłynęły na sposób przygotowania i realizacji tego typu akcji. Wzmocnione zostało m.in. zabezpieczenie medyczne. "Niestety, ryzyka związanego ze sposobem bronienia się przestępców nie można w pełni wyeliminować. Policjanci zdają sobie z tego sprawę" - dodał.
W 2006 r. SO uniewinnił podsądnych, uznając m.in., że to nie działania oskarżonych, lecz Pikusa i Cieślaka spowodowały śmierć i rany policjantów. Sąd podkreślił, że akcja była precedensowa i - wbrew zarzutom - przygotowano ją optymalnie, przewidując wiele wariantów. W 2007 r. Sąd Apelacyjny w Warszawie uchylił ten wyrok, bo sąd I instancji nie przeanalizował dowodów "w pełni i starannie". W ponownym procesie, który ruszył w 2009 r., prokurator wniósł o wymierzenie podsądnym kar po 2 lata więzienia w zawieszeniu na 5 lat. Obrona domagała się ich uniewinnienia.PAP, im