Posiedzenie pojednawcze w tej sprawie, które odbyło się w Sądzie Rejonowym dla Warszawy-Mokotowa nie przyniosło rezultatu. Kotowski chciał, aby w zamian za wycofanie aktu oskarżenia ksiądz przeprosił go w mediach i zapłacił mu 50 tys. zł zadośćuczynienia. Adwokatka nieobecnego w sądzie księdza odrzuciła takie warunki. Wobec tego sąd wyznaczył na 1 grudnia początek procesu, w którym ks. Isakowiczowi-Zaleskiemu grozi do roku więzienia.
W styczniu 2009 r. w wywiadzie dla gazety "Polska The Times" ksiądz powiedział, że ppłk Kotowski jako oficer wywiadu PRL o pseudonimie "Pietro" miał w Watykanie prowadzić agenta o kryptonimie "Prorok" i uczestniczyć w ten sposób w zbieraniu informacji z życia osobistego papieża, które mogły posłużyć zorganizowaniu zamachu na Jana-Pawła II. Kotowski zaprzecza temu, podkreślając, że to nie on prowadził tego agenta, a ustalenia badaczy nie wskazują, by "Prorok" miał przekazywać informacje, które mogłyby być przydatne do ewentualnego zamachu. - Obciążanie mnie przypisywanymi informacjami jest pozbawione jakichkolwiek podstaw i stanowi wielkie nadużycie, nie tylko moralne, ale także wyczerpuje znamiona i zakres przestępstwa określonego w art. 212 par. 2 Kodeksu karnego - skomentował tę wypowiedź Kotowski. Zgodnie z tym artykułem za pomówienie w mediach o działanie mogące poniżyć kogoś w opinii publicznej grozi grzywna, kara ograniczenia wolności albo do roku więzienia.
Kotowski przyznał, że w latach 1979-1983 pracował w misji dyplomatycznej PRL przy Watykanie i jednocześnie był oficerem wywiadu, a "role te uzupełniały się". Dodał, że działał na rzecz "zdecydowanego polepszenia" stosunków państwo-Kościół. Zaprzeczył, by służby PRL miały jakikolwiek związek z zamachem na placu św. Piotra w maju 1981 r. Podkreślił, że był już przesłuchiwany w śledztwie IPN w sprawie zamachu na Jana Pawła II. Zapytany o to, czemu wytoczył księdzu proces karny, a nie cywilny, Kotowski odparł, że proces karny jest szybszy. Podkreślił, że został pomówiony niesłusznie i z konsekwencjami, bo były już pogróżki pod jego adresem. Zwrócił uwagę, że wcześniej bez skutku występował do księdza, by odwołał swe słowa. - Wtedy by nie było tego procesu - stwierdził.
- Uważam, że pan Kotowski prowadził szkodliwą działalność wobec Kościoła i zamierzam to wykazać na procesie - powiedział z kolei ks. Isakowicz-Zaleski. Dodał, że na procesie ustosunkuje się do zarzutów i będzie ujawniał dokumenty, "które dotyczą także pana Kotowskiego". Ksiądz zaznaczył jednocześnie, że chciał ugody, ale pojednanie na warunkach Kotowskiego jest niemożliwe. - Nie zgadzam się z jego zarzutami, a ponadto nie mam 50 tys. zł i nie zamierzam wspierać budżetu pana Kotowskiego - oświadczył. Dodał, że w tego typu sprawach powinno się stosować proces cywilny, a nie karny. Art. 212 Kk ksiądz uznał za służący "kneblowaniu wolności słowa".
PAP, arb