W 1944 roku Asperger rozpoczął pracę na Uniwersytecie Wiedeńskim. Był to efekt publikacji artykułu naukowego na temat objawów autyzmu. W późniejszych latach był również dyrektorem kliniki miejskiej dla dzieci oraz szefem uniwersyteckiej katedry pediatrii. Do tej pory w żadnej z biografii lekarza nie znalazła się jednak informacja o tym, co Asperger robił w pierwszych latach wojny.
Jak podaje BBC, w czasopiśmie „Molecular Austism” opublikowano artykuł, którego autor rzuca poważne oskarżenia pod adresem Aspergera. Dr Simon Baron-Cohen z Uniwersytetu Cambridge podkreślił, że lekarze nie mogli dłużej milczeć, gdy widzieli, że osoba, która jest postrzegana jako niezwykle zasłużona dla medycyny, miała w swojej historii również ciemne karty. Zdaniem dr Herwiga Czecha z Uniwersytetu Medycznego w Wiedniu, Asperger miał przez wiele lat kierować upośledzone dzieci do słynnej kliniki Am Spiegelgrund w Wiedniu, która była częścią szpitala psychiatrycznego Steinhof. Placówka ta była znana z zabijania dzieci poprzez podawanie im śmiertelnych dawek silnych leków. Dzieci te władze określały zazwyczaj jako „nieczyste rasowo”. Badacz twierdzi, że „Asperger publicznie legitymizował politykę czystości rasowej oraz przymusowe sterylizację czy eutanazję dzieci”.
Według „The Times” z przemówień publicznych dr Aspergera można było bez trudu wywnioskować, że zgadzał się on z ideami narodowo-socjalistycznymi w kwestii rasy. Jako przykład podaje raporty diagnostyczne, które od 1938 roku były opatrywane słowami „Heil Hitler”. Ponadto, lekarz miał również być członkiem komisji, która podejmowała decyzje w sprawie około 200 chorych dzieci z różnych austriackich placówek. W 35 przypadkach stwierdzono, że nie ma szans na poprawę ich stanu zdrowia oraz wykształcenia, Kilka lat później wszystkie te dzieci zmarły.