Gdy resort opublikował projekt rozporządzenia określający, jak te umowy mają wyglądać, aptekarze zaczęli się buntować. Zapisano tam bowiem, że NFZ może nałożyć na aptekę karę sięgającą od 5 do 10 proc. kwoty refundacji (od kilku do kilkudziesięciu tysięcy złotych) np. za to, że apteka sprzedała lek na podstawie źle wypełnionej recepty. Taki przepis może doprowadzić nawet do bankructwa wielu aptek.
Wejście w życie ustawy w tej formie może spowodować, że prowadzący apteki nie podpiszą umów z NFZ. Gdyby tak się stało, pacjenci nie mogliby kupować leków refundowanych. Resort zdrowia zapewnia jednak, że zagrożenia dla pacjentów nie ma, gdyż dopłaty państwa do leków refundowanych to istotna pozycja w budżecie każdej apteki i żaden podmiot gospodarczy nie zrezygnuje z handlu nimi.