Już wcześniej media spekulowały, że do zaginięcia okrętu podwodnego wcale nie doszło podczas rejsu szkoleniowego. Temu stanowczo zaprzeczał jednak między innymi argentyński minister obrony Oscar Aguad. Teraz jednak premier Marcos Pena przedstawił inną wersję wydarzeń. – Priorytetowym celem taktycznym tego patrolu było zlokalizowanie, identyfikacja, rejestrowanie fotograficzne statków logistycznych i chłodni oraz tankowców, które były przemycane ze statkami rybackimi". ARA "San Juan" miał śledzić przy tym nie tylko ruch jednostek pływających w pobliżu Wysp Falklandzkich, ale również aktywność brytyjskiego lotnictwa – mówił.
Zaginięcie ARA „San Juan”
Kontakt z 44-osobową załogą argentyńskiego okrętu został zerwany 15 listopada. Przez kilkanaście dni trwały poszukiwania, w które włączyło się 13 krajów, m.in. Rosja i Stany Zjednoczone, Chile i Wielka Brytania. W akcji brało udział blisko 4 tys. osób. 18 listopada odebrano sygnały, które początkowo uznano za dowód, że statek jest na powierzchni i próbuje nawiązać łączność satelitarną, jednak ostatecznie okazało się,że sygnały pochodziły z innej jednostki. 23 listopada okręt uznano za utracony, a rodziny marynarzy poinformowano o śmierci krewnych. Wśród ofiar jest pierwsza argentyńska oficer marynarki wojennej, 35-letnia Eliana Krawczyk.
Według Rosjan za zatopienie statku są odpowiedzialni Brytyjczycy, a dokładniej angielska mina podwodna. Z kolei rodziny zaginionych marynarzy twierdzą, że do zdarzenia doszło ponieważ władze zgodziły się na to, aby armia pływała okrętem z lat 80., który nie nadawał się już do użytku.