Jerzy Bahr urodził się w 1944 roku w Krakowie. Jest absolwentem socjologii na Uniwersytecie Jagiellońskim. Ukończył także trzyletnie podyplomowe studia politologiczne. Swoją karierę zawodową związał na początku z Akademią Górniczo-Hutniczą, potem pracował na Uniwersytecie Śląskim w Opolu.
W Ministerstwie Spraw Zagranicznych pracował od 1974 roku. Pełnił też funkcję członka delegacji polskiej na etapie przygotowawczym Konferencji Bezpieczeństwa i Współpracy w Genewie, sekretarza ds. prasowych w Ambasadzie PRL w Bukareszcie i referenta ds. Rumunii. W stanie wojennym odszedł z resortu, wystąpił też z PZPR. W 1982 zrezygnował ze służby zagranicznej i rozpoczął pracę na Uniwersytecie Jagiellońskim w Zakładzie Prawa Publicznego i Stosunków Międzynarodowych.
W 1983 roku uzyskał azyl polityczny podczas wyjazdu szkoleniowego do Wiednia. W 1989 wrócił do Polski, a w 1991 ponownie został zatrudniony MSZ. Był kolejno radcą ds. politycznych Ambasady RP w Moskwie, konsulem generalnym RP w Kaliningradzie (1992–1994), a od 1994 do 1996 zajmował stanowisko dyrektora Departamentu Europejskiego II. Od 1996 do 2001 był ambasadorem RP w Kijowie (z akredytacją także na Turkmenistan), a w latach 2001–2005 w Wilnie.
Od 21 stycznia 2005 do 22 grudnia 2005 był szefem Biura Bezpieczeństwa Narodowego. 19 maja 2006 powołano go na stanowisko ambasadora RP w Rosji. Został odwołany 30 września 2010. Zasiadał w Polsko-Rosyjskiej Grupie do Spraw Trudnych.