Z informacji uzyskanych przez dziennik wynikało, że wydania Mikołajewskiemu poświadczenia pozwalającego na dostęp do tajnych informacji odmówiło co najmniej dwóch oficerów Służby Kontrwywiadu Wojskowego. Na początku stycznia tego roku Antoni Macierewicz miał udzielić mu jednak osobistej rękojmi, co pozwoliło Tomaszowi Mikołajewskiemu na objęcie stanowiska dyrektora Narodowego Centrum Kryptologii. w kolejnej publikacji "Fakt" przywoływał kolejne ustalenia. Tym razem dziennikarze twierdzili, że szef SKW płk Piotr Bączek informował szefa MON, że Mikołajewski jest bez szans na otrzymanie certyfikatu dostępu do informacji niejawnych.
Według ustaleń dziennika, problemem miała być ankieta dla ubiegających się o certyfikat, którą wybiórczo uzupełnił szef centrum kryptologii. Pytania w niej dotyczą m.in. uzależnień, zdrowia psychicznego. Od kandydatów wymagane jest również przedstawienie w sposób szczegółowy swojej przeszłości. W czwartek 29 grudnia doniesienia mediów zdementował rzecznik MON.
„W związku z nieprawdziwymi informacjami podawanymi przez Fakt i Wirtualną Polskę dotyczącymi dyrektora Narodowego Centrum Kryptologii Tomasza Mikołajewskiego informuję, że zgodnie z decyzją ministra obrony narodowej Antoniego Macierewicza oraz podjętymi sprawdzeniami przez Służbę Kontrwywiadu Wojskowego dyrektor Mikołajewski ma dostęp do informacji ściśle tajnych” – czytamy w komunikacie podpisanym przez Bartłomieja Misiewicza.