O utrudnianie śledztwa w sprawie śmierci Stanisława Pyjasa krakowska prokuratura oskarżyła jeszcze trzy inne osoby: Zbigniewa K. - byłego inspektora Wydziału Inspekcji Biura Śledczego MSW, Jana B. - byłego naczelnika Wydziału III Operacyjnego KW MO w Krakowie oraz Tadeusza K.- dyrektora Biura Śledczego MSW. Dwaj pierwsi zostali już w 2001 roku skazani na kary po 2 lata więzienia w zawieszeniu na 3 lata.
Akt oskarżenia przeciwko czwórce byłych funkcjonariuszy skierowano do krakowskiego sądu w kwietniu 1999 roku. W czerwcu, na posiedzeniu sprawdzającym, sąd uwzględnił wniosek obrońcy oskarżonego Tadeusza K. i zwrócił się do biegłych z Zakładu Medycyny Sądowej w Warszawie z zapytaniem, czy oskarżony może brać udział w procesie i czy może przyjeżdżać na rozprawy do Krakowa.
Jednak jak się okazało, biegli pomyłkowo zbadali innego oskarżonego - Bogusława S. i uznali, że mógłby on tylko przez trzy godziny dziennie uczestniczyć w rozprawach, wyznaczanych najczęściej co 10 dni, do dworca kolejowego i do sądu powinien być przewożony samochodem, a rozprawy nie powinny być wyznaczane w dniach, kiedy panuje zbyt upalna lub zbyt mroźna pogoda. Z tego powodu sąd wyłączył sprawę Bogusława S. do odrębnego rozpoznania.
Sąd nakazał ponowne zbadanie Tadeusza K., jednak ten zmarł przed rozpoczęciem procesu.
Ze względu na zły stan zdrowia nie oskarżono też kolejnych dwóch funkcjonariuszy, którym w toku śledztwa przedstawiono zarzuty. Jeden z nich zmarł w trakcie postępowania, drugi - gen. Zbigniew P., b. wiceminister MSW - również z powodu złego stanu zdrowia był jedynie świadkiem w trakcie krakowskiego procesu i jego zeznania odczytano za zamkniętymi drzwiami.
Ciało Stanisława Pyjasa, związanego z opozycją studenta Uniwersytetu Jagiellońskiego, znaleziono 7 maja 1977 roku w bramie kamienicy przy ul. Szewskiej w Krakowie. Prokuratura umorzyła wtedy sprawę twierdząc, że "spadł ze schodów". Śledztwo podjęto na nowo w 1991 roku i ustalono, że student został śmiertelnie pobity.
Śledztwo w tej sprawie zostało jednak umorzone w styczniu 1999 roku z powodu braku możliwości wykrycia sprawcy (lub sprawców).
Zdaniem prowadzącego osobiste śledztwo w tej sprawie prokuratora Krzysztofa Urbaniaka, najbardziej prawdopodobną wersją śmierci Stanisława Pyjasa jest pobicie go przez byłego boksera Mariana W.
em, pap