Inicjatywa indonezyjskiego ministerstwa spraw zagranicznych związana jest z chińskimi roszczeniami w tym regionie. Polityczna decyzja o utworzeniu Morza Północnonatuńskiego ma być sygnałem dla Pekinu, że jego roszczenia do wysp i łowisk w tym regionie są nieuprawnione. Wcześniej Stały Trybunał Arbitrażowy w Hadze w podobnym sporze pomiędzy Chinami i Filipinami odrzucił chińskie pretensje do innej części Morza Południowochińskiego.
Decyzja o utworzeniu w indonezyjskiej strefie ekonomicznej Morza Północnonatuńskiego ogłoszona została w stolicy kraju - Dżakarcie przez wiceministra spraw zagranicznych Arifa Havas Oegroseno zajmującego się sprawami morskimi. Chińczycy przyjęli informacje płynące z Dżakarty ze zdziwieniem. Stwierdzili, że sztuczne tworzenie nowych nazw geograficznych jest pozbawione sensu.
Chińskie roszczenia terytorialne w tym regionie odnoszą się m.in. do Wysp Paracelskich i Spratly. Pekin spiera się o różne części tego akwenu m.in. z Wietnamem, Filipinami, Brunei, Tajwanem, Malezją i właśnie Indonezją. Ten ostatni kraj na swoim skrawku Morza Południowochińskiego wydobywa ropę i gaz.