Szefem rządzącego Frontu Zwycięstwa zostanie teraz gubernator Buenos Aires Daniel Scioli.
Decyzja to następstwo porażki w niedzielnych wyborach uzupełniających do Kongresu.
59-letni Kirchner w głosowaniu zajął drugą pozycję. Pokonał go biznesmen Francisco De Narvaez z opozycyjnej frakcji partyjnej.
Niemal ostateczne wyniki wskazują, że De Narvaez otrzymał 34,6 proc. poparcia, a Kirchner 32,1 proc.
Żona Kirchnera, a obecna prezydent Argentyny Cristina Fernandez de Kirchner, również została pokonana w wyborach i straciła większość w obu izbach na rzecz opozycji. Przyczyną tej porażki jest jej niepopularna polityka ekonomiczna.
Prezydent jednak jeszcze przez pięć miesięcy będzie dysponować większością w Kongresie, gdyż zmiana mandatów nastąpi dopiero w grudniu.
Według komentatorów wybory uzupełniające były postrzegane jak referendum popularności pary Kirchner-Fernandez, dominującej na argentyńskiej scenie politycznej od sześciu lat. Nie wyklucza się ostrej walki o władzę przed wyborami prezydenckimi w 2011 roku w szeregach neoperonistów - podkreśla Reuters.
Spadek popularności pani de Kirchner, wybranej na urząd prezydencki w 2007 roku, nastąpił przez pogarszające się w kraju warunki gospodarczej i polityki interwencjonizmu.
Prezydent o kilka miesięcy przyspieszyła termin wyznaczonych na październik wyborów, argumentując, że ich wynik pozwoli na jedność w walce z globalnym kryzysem ekonomicznym.
ND, PAP