Przedstawiając 30 września 2006 r. - ostatniego dnia istnienia WSI - pierwsze ustalenia z likwidacji WSI, Macierewicz powiedział m.in., że przez 15 lat istnienia dopuszczały się one bezprawnych działań wobec świata mediów, polityki i gospodarki. Dodał, że w WSI są "ślady zewnętrznych inspiracji", m.in. "z bloku wschodniego". Według Macierewicza za te nieprawidłowości odpowiada m.in. gen. Dukaczewski, szef WSI za rządów SLD (2001-2005). Macierewicz mówił też, że sowiecki wywiad wojskowy przeszkolił wielu oficerów WSI, w tym Dukaczewskiego.

57-letni Dukaczewski (obecnie już poza wojskiem) pozwał za to Macierewicza, żądając przeprosin za "nieprawdziwe i krzywdzące" słowa oraz wpłaty 10 tys. zł na cel dobroczynny. Wytoczył mu też proces karny o zniesławienie (który jeszcze nie ruszył).

Macierewicz wnosił o oddalenie pozwu. Wiele razy mówił, że nie wycofuje się z żadnych stwierdzeń, bo "współodpowiedzialność Dukaczewskiego jest oczywista". Przypominał, że do prokuratury skierowano liczne doniesienia o przestępstwach WSI. Dukaczewski replikował, że nikt z jego podwładnych nie został o nic oskarżony.

W 2007 r. SO orzekł, że Macierewicz ma przeprosić Dukaczewskiego i zaprzestać dalszego naruszania jego dóbr osobistych przez przedstawianie go jako współodpowiedzialnego za "nieprawidłowości o charakterze przestępczym, które mały mieć miejsce w WSI" oraz wpłacić 10 tys. zł na dom dziecka.

Sąd nie przeprowadzał "dowodu prawdy" i nie oceniał prawidłowości działań WSI; zajmował się tylko sprawą naruszenia dóbr osobistych. Zdaniem sądu, Macierewicz nie mógł się skutecznie powoływać na raport z weryfikacji WSI, gdyż ujawniono go w lutym 2007 r., a ustawę pozwalającą na to przyjęto w grudniu 2006 r. - tymczasem inkryminowana wypowiedź pochodziła z września 2006 r.

Wyrok SO uchylił potem Sąd Apelacyjny w Warszawie, do którego odwołał się Macierewicz. Według sądu apelacyjnego uzasadnienie sądu I instancji nie spełniało wymogów prawa. Sprawa wróciła do sądu okręgowego.

W czwartek pozwany złożył temu sądowi jako dowód raport z weryfikacji WSI. "To nie jest proces o raport, ale o wypowiedź pozwanego sprzed jego ogłoszenia" - mówiła mec. Joanna Sochacka, pełnomocnik Dukaczewskiego.

Macierewicz podkreślał, że w swym pozwie Dukaczewski powołuje się na raport. Dodał, że w żadnym z wytoczonych mu kilkunastu procesów cywilnych za raport sądy nie stwierdziły, by zawierał on nieprawdę. "Raport korzysta z domniemania prawdziwości dokumentu urzędowego" - mówił pełnomocnik pozwanego mec. Andrzej Lew-Mirski. Proces odroczono bezterminowo.

WSI zarzucano m.in. brak weryfikacji z lat PRL, udział w aferze FOZZ, szpiegostwo na rzecz Rosji, nielegalny handel bronią, "dziką lustrację". Opisano to w ujawnionym w 2007 r. przez prezydenta Lecha Kaczyńskiego raporcie z weryfikacji WSI, sygnowanym przez Macierewicza. Osoby czujące się pomówione stwierdzeniami raportu na swój temat pozywają MON i samego Macierewicza do sądu. Sądy uznają, że Macierewicz nie może odpowiadać cywilnie, bo działał na podstawie ustawy i jako osoba urzędowa. Prokuratura prowadzi śledztwo w sprawie domniemanych nieprawidłowości przy tworzeniu raportu.